乳酸副干酪乳杆菌(Lacticaseibacillus paracasei)菌株E与E11.5全基因组测序及其在乳制品发酵中的潜在应用

来自芬兰与中国的研究团队针对乳制品发酵菌种资源开发问题，采用PacBio HiFi长读长测序技术完成两株乳酸副干酪乳杆菌（L. paracasei）E（分离自1964年芬兰奶酪）和E11.5（分离自2017年埃塞俄比亚传统发酵乳ergo）的全基因组测序。通过Flye和Unicycler双平台组装获得3 Mb级染色体及多质粒结构，经CheckM2评估显示基因组完整性>99.8%，为益生菌功能研究与食品级基因表达宿主开发提供重要资源。

　　

乳酸副干酪乳杆菌(Lacticaseibacillus paracasei)作为发酵乳制品中的常见益生菌，其基因组特征对食品工业具有重要意义。最新研究揭示了两株具有历史跨度的菌株——1964年分离自芬兰Valio公司奶酪的E株，以及2017年从埃塞俄比亚传统酸奶ergo中获得的E11.5株的完整基因组图谱。

研究团队采用MagAttract HMW DNA Kit提取高质量DNA，通过PacBio Sequel II平台生成HiFi reads（测序深度147×-584×），结合Flye 2.9.2和Unicycler 0.5.0双组装策略成功解析约3 Mb染色体及8-4个质粒。特别值得注意的是，E株携带78 kb最大质粒，而E11.5株染色体GC含量达46.4%，高于E株的46.1%。经CheckM2验证，两株菌基因组完整性均超过99.86%，GTDB-Tk 2.3.2分类确认其属于副干酪乳杆菌亚种。

实验技术亮点包括：Bullet Blender Storm Pro核酸剪切、SMRTbell Prep Kit 3.0建库、Agilent Fragment Analyzer质量评估。生物信息学分析采用minimap2比对、Bandage可视化组装图、QUAST评估指标显示N₅₀
值达2.9-3.0 Mb。最终基因组数据已提交GenBank（CP171623-CP171631、CP172438-CP172442），为后续研究乳糖代谢相关基因簇和食品级表达系统优化奠定基础。

该成果由中国国家留学基金委(CSC)和芬兰CSC-IT科学计算中心共同支持，测序工作由赫尔辛基大学HiLIFE生物技术研究所完成。