尼日利亚土壤源Pseudomonas guariconensis与Pseudomonas shirazica高质量基因组测序及耐药毒力特征解析

来自尼日利亚的研究人员针对环境 Pseudomonas 菌株基因组数据匮乏的问题，通过高通量测序技术获得 P. guariconensis ABJ_B2_1（4.98 Mb/40 contigs）和 P. shirazica ABJ_A22_2_1（5.71 Mb/112 contigs）的高质量基因组草图，鉴定出 Mex 外排泵基因簇和 alg 生物膜合成通路等毒力耐药基因，为革兰阴性菌生态适应机制研究提供重要数据支撑。

　　

科研团队从尼日利亚瓜瓜拉达地区土壤中分离出两株假单胞菌——Pseudomonas guariconensis ABJ_B2_1和Pseudomonas shirazica ABJ_A22_2_1，运用Illumina NextSeq平台完成全基因组测序。前者基因组大小4.98兆碱基(Mb)，GC含量62.68%，携带40条重叠群(contigs)；后者达5.71 Mb，GC含量62.63%，包含112条重叠群。通过CheckM2评估显示基因组完整性达100%，污染率低于0.4%。

有趣的是，这两株环境菌株竟暗藏"武器库"：P. guariconensis含有pvd铁载体合成基因簇和flg鞭毛装配基因，而P. shirazica额外携带cpxR耐药调控因子。借助SPAdes组装和fastANI分析，发现它们与标准菌株的ANI值均超97%，证实了分类学地位。

最引人注目的是表1披露的耐药基因谱——两菌株均编码MexB/MexF等外排泵系统，这些分子"水泵"能将抗生素排出菌体，堪称细菌的"防弹衣"。而algU/algW等生物膜相关基因的检出，则暗示它们可能形成顽固的"细菌城堡"。

这项研究不仅填补了非洲假单胞菌基因组数据的空白，更揭示土壤微生物中潜藏的耐药基因"暗流"，为理解细菌环境适应机制提供了新视角。德国罗伯特科赫研究所的测序平台为研究提供了关键技术支撑。