昆明斯氏菌L4全基因组解析：揭示异养硝化-好氧反硝化及芳香族化合物降解的分子机制

来自中国的研究团队完成了昆明斯氏菌(Stutzerimonas kunmingensis) L4株的全基因组测序。该菌分离自内蒙古污水处理厂污泥，基因组大小为4,661,724 bp（GC含量62.64%），携带异养硝化-好氧反硝化(HNAD)关键基因(npD、nasAB等)及芳香族化合物降解通路，为污水生物处理提供了优质菌种资源。

　　

科研人员成功破译了具有环境修复潜力的新菌种——昆明斯氏菌(Stutzerimonas kunmingensis) L4的完整基因组。该菌株从内蒙古某污水处理厂污泥中分离（坐标40.13368°N, 111.42779°E），通过异养硝化培养基(HNM)在10°C低温条件下富集培养获得。

基因组测序采用PacBio RSII单分子实时(SMRT)和Illumina NovaSeq 6000双平台策略：PacBio获得40,148条读长（N50=10,249 bp），Illumina产生3,886,205×2条双端读长。使用Unicycler软件组装出4.66 Mb的环形染色体，GC含量高达62.64%，预测到4,327个编码序列(CDS)和79个RNA基因（含4套完整核糖体RNA操纵子）。

功能注释揭示该菌具备完整的异养硝化-好氧反硝化(HNAD)通路基因：包括亚硝酸盐还原酶基因nirK/nirS、一氧化氮还原酶norBC等。更令人振奋的是，基因组携带苯甲酸酯、甲苯等芳香族污染物的降解基因簇，暗示其在处理含氮/芳香族复合污染废水方面的双重潜力。

研究获得国家自然科学基金（51579092）和中央高校重大科技项目（CEEC2023-ZDYF-09）支持，测序工作由上海美吉生物完成。低温适应性（10°C培养）与压力耐受基因的发现，为寒冷地区污水处理提供了候选工程菌株。