中国烟草根际土壤中假单胞菌新菌株Pseudomonas mediterranea Cas656的全基因组测序及特征分析

来自中国的研究团队针对环境微生物资源开发需求，对烟草根际土壤中分离的Pseudomonas mediterranea Cas656菌株进行全基因组测序。该研究采用PacBio和Illumina双平台测序技术，获得6,245,034 bp的环状染色体（GC含量60.92%），注释出5,482个编码基因及66个tRNA、5个16S rRNA，为假单胞菌属的代谢多样性研究提供了重要基因组资源。

　　

在中国宣恩县烟草田的根际土壤中(北纬29°59′1.932″，东经109°35′2.976″)，科研人员成功分离出一株具有代谢潜力的假单胞菌——地中海假单胞菌(Pseudomonas mediterranea) Cas656。通过16S rRNA基因测序(引物27F/1492R)比对显示，该菌株与模式菌株CFBP 5447^T
相似度高达99.79%。

研究团队采用创新性的双平台测序策略：PacBio平台构建20 kb大片段文库(使用SMRTbell试剂盒)，Illumina平台生成PE150短读数据。经过Canu软件组装和Circlator环化处理，最终获得完整无间隙的6.24 Mb环状基因组。该基因组GC含量为60.92%，编码5,482个功能基因，其中包含66个tRNA和5个完整的16S-23S-5S rRNA操纵簇。

值得注意的是，通过Prokka注释系统发现，基因总长度占基因组87.67%，凸显其编码密度之高。这些发现为解析假单胞菌属( Pseudomonas )的环境适应机制和代谢网络提供了新的分子基础，尤其对理解根际微生物-植物互作具有重要启示。