同义密码子对蛋白质骨架构象影响的统计再分析：结构生物学基础假设的验证

【编辑推荐】来自国际团队的研究人员针对同义密码子是否影响蛋白质二级结构中二面角(?,ψ)分布这一争议性问题展开研究。通过修正原研究的统计方法缺陷，证实同义密码子对骨架构象无显著影响，为结构生物学和蛋白质设计领域的关键假设提供了坚实证据。

　　

遗传密码如何影响蛋白质结构是贯穿生物学研究的核心问题。近期有研究声称，编码相同氨基酸的不同核苷酸三联体（即同义密码子）能改变二级结构元件中骨架二面角(?,ψ)的分布，这一发现若成立将颠覆"蛋白质结构仅由氨基酸序列决定"的传统认知。研究团队采用严谨的统计方法重新分析数据，发现不同二级结构类型中，二面角分布均未表现出显著的密码子依赖性效应。

现有证据清晰表明，同义密码子虽然通过调控翻译速率和蛋白质折叠动力学间接影响生物学过程，但并不会改变已折叠蛋白质的骨架几何构型。这一结论巩固了结构生物学、蛋白质理性设计和分子进化领域的基石理论——蛋白质三维结构本质上仍由氨基酸序列主导，DNA序列层面的同义变异不会产生结构性影响。研究特别指出，先前报道阳性结果的统计方法存在根本性缺陷，经规范分析后，所有二级结构类型的(?,ψ)角分布与密码子选择均无统计学关联。