近东方山蝾螈属(Neurergus)系统发育基因组学方法的不一致性及其分类学启示

本研究针对蝾螈科Salamandridae近东方山蝾螈属(Neurergus)长期存在的系统发育争议，采用靶向富集测序技术(sequence capture)获取约7k核DNA标记，通过RAxML、ASTRAL和SNAPPER等多方法分析，揭示了N. crocatus的基因渗入(introgression)导致的拓扑结构冲突，并提出N. strauchii barani/munzurensis应归并为亚种、N. kaiseri南北谱系应提升为种的分类修订，为复杂进化历史类群的系统学研究提供了范式。

　　

在生物多样性热点地区伊朗-安纳托利亚地带，生活着一类被称为近东方山蝾螈的濒危物种——Neurergus属。这个属的蝾螈不仅面临栖息地丧失和宠物贸易的威胁，其分类学关系更因快速辐射进化、基因渗入和不完全谱系分选(ILS)而长期存在争议。传统单基因标记（如mtDNA）的研究常得出相互矛盾的结论，而全基因组测序又因基因组庞大难以实施。这种困境在N. crocatus的系统位置、N. strauchii复合体的分类地位、以及N. kaiseri南北谱系的物种界定等问题上表现得尤为突出。

为解决这些问题，研究人员采用新型靶向富集测序技术NewtCap，从55个样本中捕获约7,000个核DNA标记。通过多维度分析发现：RAxML和ASTRAL支持N. crocatus作为N. derjugini sensu lato + N. kaiseri的姐妹群，而SNAPPER则因其与N. derjugini的基因渗入而将其错误归为姐妹群。Dsuit分析证实了历史杂交事件的存在，解释了方法间差异。研究还揭示N. strauchii barani和munzurensis应归入N. strauchii sensu stricto，而N. kaiseri南北谱系因遗传隔离和有限基因流应划分为两个物种。该成果发表于《Molecular Phylogenetics and Evolution》，为复杂进化历史的类群研究提供了方法学参考。

关键技术包括：（1）靶向富集测序获取7,139个外显子区域；（2）ADMIXTURE分析群体遗传结构；（3）RAxML构建串联ML树；（4）ASTRAL进行基因树汇总；（5）SNAPPER贝叶斯物种树推断；（6）Dsuit检测基因渗入。样本涵盖Neurergus全部分布区和3种Triturus外群。

主要结果：

1. 系统发育方法间的不一致性
   RAxML和ASTRAL（归一化四分体得分0.62）支持N. crocatus位于N. derjugini sensu lato + N. kaiseri的基部，而SNAPPER因其与N. derjugini的强烈基因渗入信号（Dsuit热图显示f₄
   统计显著）产生拓扑冲突。

2. 历史生物地理学
   时间校准显示：Neurergus冠群年龄约12.3 Ma，与扎格罗斯山脉隆起（15 Ma）和德兹河形成（3-3.5 Ma）等地质事件吻合，N. kaiseri南北谱系分化（3.2 Ma）可能受第四纪冰期避难所影响。

3. 分类学修订建议

• 归并：N. strauchii barani和munzurensis深嵌于N. strauchii sensu stricto（RAxML支持率100%），ADMIXTURE未检测到独立遗传组分；
• 拆分：N. kaiseri南北谱系（遗传距离15km）存在生殖隔离（仅1个杂交个体BW_1950），符合物种标准；
• 确认：N. derjugini microspilotus应作为亚种（ML树bootstrap支持率<70%）。

这项研究不仅解决了Neurergus属长期悬而未决的分类难题，更展示了靶向富集测序在解析复杂进化历史类群中的强大效力。通过揭示基因渗入对系统发育推断的干扰机制，为今后处理快速辐射类群提供了方法论警示。分类修订建议对IUCN红色名录评估和保护区规划具有直接指导价值，尤其对N. kaiseri新种的描述将推动其针对性保护。该成果也印证了伊朗-安纳托利亚地区作为生物多样性热点的重要性，为后续研究设立了新基准。