靶向新一代测序技术(tNGS)在医疗相关感染监测中的突破：揭示ICU多重耐药菌定植的精准快速检测新策略

【编辑推荐】本研究针对传统培养法在医疗相关感染(HAIs)监测中灵敏度低、耗时长的问题，通过对比靶向新一代测序(tNGS)与细菌培养在ICU环境中的检测效能，发现tNGS可于19小时内检出14种微生物（包括MRSA和鲍曼不动杆菌），灵敏度达69%，远超培养法的28%。该技术为ICU多重耐药菌(MDR)防控提供了精准高效的监测工具，相关成果发表于《New Microbes and New Infections》。

　　

医院感染一直是全球医疗系统的重大挑战，尤其在重症监护室(ICU)，患者因病情危重、免疫功能低下及频繁侵入性操作，感染率高达7.28%。更棘手的是，ICU环境中多重耐药菌(MDR)如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和鲍曼不动杆菌的泛滥，使得传统细菌培养方法——需要数天时间且灵敏度有限——难以满足实时监测需求。这些微生物不仅潜伏在患者体内，还通过医护人员的手部、眼镜甚至键盘表面传播，形成复杂的耐药生态链。如何快速准确地捕捉这些“隐形威胁”，成为感染防控的关键突破口。

中山大学附属孙逸仙纪念医院的研究团队在《New Microbes and New Infections》发表了一项创新研究。他们采用靶向新一代测序技术(tNGS)，对急诊ICU(EICU)和体检中心(PEC)医护人员的鼻咽拭子及环境样本进行检测，并与传统培养法直接对比。结果显示，tNGS仅用19小时便检出EICU医护人员携带的14种微生物（包括3例携带mecA基因的MRSA），而培养法仅检出2种；键盘和眼镜表面更检出鲍曼不动杆菌等12种病原体，揭示ICU环境作为耐药菌“储存库”的严峻现实。

研究采用三项关键技术：1) 跨部门队列设计，采集23名EICU和15名PEC医护人员的鼻咽拭子，并随机选取6组键盘和眼镜表面样本；2) 使用MagPure Viral DNA/RNA Kit自动化提取核酸，通过多重PCR预扩增构建tNGS文库；3) 基于KM MiniSeq Dx-CN平台的靶向测序，结合Bowtie2比对和定制化生物信息学流程分析耐药基因。

【主要结果】

1. 人口学特征：38名参与者中，EICU组52%为男性，21%有上呼吸道症状，与PEC组无显著差异，排除了基础健康状态对结果的干扰。

2. tNGS vs 细菌培养：tNGS在EICU组检出29例微生物（平均每人1.3种），包括MRSA（10.3%）和鲍曼不动杆菌（13.8%），而培养法仅检出4例；所有tNGS结果均在19小时内出具，而培养法需69小时以上确认阳性。

3. ICU与非ICU环境差异：EICU医护人员携带微生物种类显著多于PEC（1.3 vs 0.9种/人），且MRSA和鲍曼不动杆菌仅见于EICU组。键盘表面检出24例微生物（以鲍曼不动杆菌和热带念珠菌为主），眼镜则以鲍曼不动杆菌（62.5%）为主要污染物。

4. 耐药基因特征：EICU分离菌株携带更多抗生素耐药基因，如mecA介导的β-内酰胺类耐药，印证了ICU高抗生素压力对微生物的选择作用。

这项研究首次系统证实tNGS在HAIs监测中的双重优势：速度上，将病原体鉴定时间从数天压缩至19小时；精度上，不仅能识别传统培养漏检的厌氧菌、真菌（如耶氏肺孢子菌），还能同步解析耐药基因谱。更值得注意的是，研究揭示了ICU环境中鲍曼不动杆菌的“无处不在”——从医护人员鼻咽部到键盘缝隙，这种通过生物膜形成抵抗消毒剂的“超级细菌”，已成为ICU感染控制的重大隐患。

讨论部分强调，tNGS的高灵敏度使其能捕捉到传统方法难以发现的微生物传播链，如3名护理过肺孢子菌肺炎患者的护士鼻咽部检出该病原体，提示职业暴露风险。而键盘和眼镜的高污染率则警示：常规手卫生可能不足，需加强环境物体表面的精准消毒。这些发现为修订ICU感染防控指南提供了实证依据——未来或许需要将tNGS纳入常规监测，并结合耐药基因数据指导抗生素使用，从而阻断MDR菌株的进化与传播。

该研究的局限在于样本量较小，且未追踪定植微生物是否导致实际感染。但毫无疑问，tNGS技术的应用将重塑医院感染监测范式，其快速、全面的病原体“快照”能力，为实现“精准感控”提供了关键技术支撑。在多重耐药菌威胁日益严峻的今天，这项研究不仅是一场技术革新，更是对传统感染防控体系的重大升级。