植物器官三维自动分割新突破:基于自监督学习框架Plant-MAE的创新方法

【字体: 时间:2025年06月16日 来源:Plant Phenomics 7.6

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  本研究针对植物器官三维分割依赖大量标注数据、现有方法泛化性不足等难题,创新性地提出自监督学习框架Plant-MAE。通过核点卷积嵌入模块和多角度注意力特征提取块(MAFEB),在8种作物点云数据集上实现平均精度92.08%、IoU 84.03%,较PointNet++等模型提升显著。该研究为作物表型参数估算提供技术支撑,推动智慧农业发展。

  

在植物表型研究领域,三维器官分割是获取叶片形态、茎秆结构等关键性状的前提。然而传统方法面临三大瓶颈:依赖费时费力的点级标注数据;现有算法对多物种、多生长阶段的适应性差;田间复杂环境采集的点云存在结构缺失和噪声干扰。这些限制严重阻碍了高通量表型分析在育种和精准农业中的应用。

中国农业科学院的研究团队在《Plant Phenomics》发表研究,通过构建包含8类作物2667个样本的大规模点云数据集,创新开发基于自监督学习的Plant-MAE框架。该模型采用核点卷积(KPConv)嵌入模块捕获器官尺度特征,设计多角度注意力特征提取块(MAFEB)融合空间几何信息,在掩码重建任务中学习植物形态的潜在特征。实验表明,模型在激光雷达(TLS)、多视角立体视觉(MVS)等不同采集方式的数据上,平均精度达92.08%,较PointNet++提升6个百分点,仅需30个标注样本微调即可达到全监督模型性能。

关键技术包括:1)使用FARO FocusS70激光扫描仪和无人机RGB相机采集多环境点云数据;2)设计分层编码器-解码器架构,通过k近邻(k-NN)分组实现局部到全局特征提取;3)引入海拔角、方位角等空间编码增强位置感知;4)采用Chamfer距离优化掩码坐标重建。

研究结果显示:在TLS数据集上,玉米茎秆分割IoU达65.40%,马铃薯叶片识别精度98.88%;图像重建点云中,番茄果实召回率提升至68.38%;在未参与预训练的Pheno4D数据集上,平均IoU达91.64%,证明优异跨平台适应性。对比实验证实,Plant-MAE在茎秆等小目标类别上较Point-M2AE平均提升2.15%精度,且标准差低于0.5%,展现更强稳定性。

讨论部分指出,该研究首次将自监督学习范式引入植物表型领域,通过大规模无标注预训练显著降低对标注数据的依赖。模型在田间噪声数据上的鲁棒性表现,为实景种植环境下的表型监测提供可能。未来工作将扩展至群体植株分割,并探索对比学习等更多预训练策略。这项技术突破不仅助力功能基因组分析和分子设计育种,也为农业大模型视觉基础架构开发奠定基础。

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