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膀胱癌预后新突破:基于neddylation相关基因的分子标志物与生存模型构建
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年06月17日 来源:Hereditas 2.1
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本研究针对膀胱癌(BLCA)分子异质性和预后评估难题,通过整合TCGA数据库转录组分析、WGCNA模块构建及单细胞测序技术,首次系统鉴定了CUL1、PUM2、UBE2D3、HIF3A、COPS2和DDB1等6个neddylation(类泛素化修饰)相关基因作为独立预后指标。团队开发的生存预测模型(AUC达0.793)为BLCA个体化治疗提供了新工具,同时揭示DDB1通过调控凋亡通路影响肿瘤微环境的关键机制。
膀胱癌作为泌尿系统最高发的恶性肿瘤,其分子机制复杂且临床预后差异显著。尽管现有研究已发现neddylation(类泛素化修饰)在肿瘤进展中的作用,但该修饰如何影响膀胱癌的生物学行为仍属未知。重庆合川区人民医院团队在《Hereditas》发表的研究,通过多组学分析揭示了neddylation相关基因的预后价值,为破解膀胱癌异质性难题提供了新视角。
研究采用TCGA数据库转录组数据,通过limma包筛选差异基因,结合WGCNA构建共表达网络,利用LASSO-Cox回归建立预后模型。临床样本验证采用qRT-PCR,单细胞数据分析依托GSE135337数据集,关键通路通过GSEA解析。
结果部分
BLCA分化基因筛选:WGCNA分析从2974个差异基因中锁定1412个预后相关基因,与KEGG数据库交叉获得32个neddylation相关基因(图1E)。PPI网络显示这些基因存在功能关联(图1D)。
单多因素Cox回归分析:LASSO回归筛选出CUL1、PUM2等6个关键基因(图2A-B)。多因素分析证实DDB1为独立预后因子(HR=1.0082, 95% CI 1.0034-1.0131)(图2C-D)。风险模型显示高危组生存率显著降低(图3E)。
差异与预后分析:DDB1在肿瘤组织高表达,HIF3A在正常组织富集(图4B-C)。单细胞测序揭示UBE2D3/COPS2广谱表达,PUM2特异性富集于内皮细胞(图8B-D)。
DDB1通路分析:GSEA显示DDB1调控跨物种凋亡通路(图9A)、胚胎形态发生(图9B),其下调与酒精代谢等通路相关(图9C-D)。
结论与意义
该研究首次构建基于neddylation相关基因的BLCA预后模型(1/3/5年AUC>0.77),证实DDB1通过凋亡调控影响预后。单细胞数据揭示了这些基因在肿瘤-免疫互作中的空间表达特征,为靶向neddylation的治疗策略提供了理论依据。特别值得注意的是,模型整合了年龄、淋巴结转移等临床参数(模型=1.186×风险评分+0.046×年龄),实现了分子标志物与临床特征的有机融合,推动膀胱癌向精准医疗迈进。
(注:全文严格遵循原文数据,专业术语如WGCNA=加权基因共表达网络分析,TCGA=癌症基因组图谱,所有基因名保留原文大小写格式如CUL1、UBE2D3等)
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