肯尼亚G8P[14]型轮状病毒全基因组解析揭示偶蹄动物向人类的跨种传播机制

本研究针对非洲儿童腹泻病原体轮状病毒（RVA）的基因多样性开展深度解析，通过对肯尼亚G8P[14]型人源毒株A75的全基因组测序，首次揭示其独特的基因型构象（G8-P[14]-I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3），证实该毒株通过偶蹄动物（Artiodactyla）向人类的跨种传播（zoonotic transmission）事件，为非洲地区轮状病毒进化与防控提供关键数据。

　　

轮状病毒是导致全球儿童重症腹泻的主要病原体，每年在非洲造成超过10万例死亡。尽管G1-G4、G9等基因型在人类中占主导地位，但非常规基因型G8P[14]的散发病例持续引发关注——这类毒株通常存在于偶蹄动物（如牛、羊）中，其向人类的传播机制与进化路径尚不明确。非洲作为轮状病毒疾病负担最重的地区，此前仅有两例来自北非的人类G8P[14]毒株基因组数据，东非地区更是空白。

肯尼亚医学研究所（KEMRI）与日本大分大学等机构的研究团队，从2000年肯尼亚一名8月龄腹泻患儿的存档粪便样本中，鉴定出G8P[14]型毒株A75。通过Illumina MiSeq高通量测序技术，研究人员完成了该毒株11个基因组片段的完整解析，发现其基因型构象（G8-P[14]-I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3）中，非G/P基因片段（I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3）与偶蹄动物轮状病毒高度一致。研究论文发表于《Tropical Medicine and Health》，首次揭示了东非人源G8P[14]毒株的跨种传播证据。

关键技术包括：

1. 从存档粪便样本中提取轮状病毒双链RNA（dsRNA），采用Illumina MiSeq平台进行全基因组测序
2. 使用CLC Genomics Workbench进行序列组装，通过BLAST和RIVM分型工具确定基因型
3. 基于最大似然法（Maximum-likelihood）构建11个基因片段的系统发育树，模型选择依据AIC准则
4. 通过mVISTA平台全基因组比对和氨基酸序列分析评估毒株进化关系

研究结果：
Full genome characterization
毒株A75的基因组构象与摩洛哥人源毒株ma31、埃及AS970等非洲G8P[14]毒株存在显著差异，提示非洲可能存在多次独立的跨种传播事件。

Phylogenetic analyses

• VP7基因与斯洛伐克狍源毒株D110-15（KY426808）相似度达97.3%，与西班牙绵羊毒株OVR762（EF554153）形成进化支
• VP4基因与南非水牛毒株4426（MT234361）有92.2%同源性，位于含澳大利亚人源毒株的跨物种传播簇
• VP1/VP2/NSP2/NSP4基因与肯尼亚人源毒株B12（HM627542-HM627551）高度相似，提示局部地区基因重组

Discussion and conclusion
研究首次证实东非存在偶蹄动物源G8P[14]轮状病毒向人类的直接传播，其进化路径可能涉及多次基因重配（reassortment）。值得注意的是，毒株A75的流行呈现零星散发特征，在后续肯尼亚监测中未再检出，暗示其尚未完全适应人际传播。该毒株的G8P[14]基因型与当地使用的ROTAVAC疫苗（G9P[11]）不匹配，凸显了动物源毒株对现有疫苗的潜在逃逸风险。

这项研究填补了非洲轮状病毒进化研究的空白，为理解人兽共患病传播机制提供了分子流行病学模板。未来需要加强非洲人类与动物轮状病毒的协同监测，以预警可能引发流行的新型重组毒株。