南极洲多种鸟类中长期存在的Delta冠状病毒感染及其生态意义

这篇研究揭示了南极洲海鸟群体中Delta冠状病毒（DeltaCoV）的长期存在与跨物种传播潜力，通过宏转录组测序首次在凯尔鸻（Larus dominicanus）粪便中发现与2014年巴布亚企鹅（Pygoscelis papua）毒株高度同源（96.54% RdRp序列相似性）的新型Buldecovirus亚属病毒，强调了南极脆弱生态系统中病毒监测对保护野生动物和预防人畜共患病（zoonosis）的重要性。

　　

ABSTRACT
南极洲原始环境中的野生动物面临病毒传播的严峻威胁。研究团队在南设得兰群岛采集243份迁徙海鸟粪便样本，通过泛冠状病毒RT-PCR（CoVs）和实时荧光RT-PCR（AIVs）筛查，结合宏转录组测序，在凯尔鸻样本中鉴定出全长26,093 bp的Delta冠状病毒基因组（PQ351810.1）。该病毒属于Buldecovirus亚属，与2014年巴布亚企鹅毒株（MT025058.1）具有97.61%的ORF1ab多蛋白氨基酸相似性，提示南极病毒存在长期跨宿主传播或广宿主适应特性。

INTRODUCTION
南极独特的生态隔离曾被认为能阻隔病原体传播，但人类活动与气候变化加剧了生态风险。海鸟作为冠状病毒（CoVs）和禽流感病毒（AIVs）的自然宿主，其迁徙行为可能介导病毒扩散。研究聚焦Delta冠状病毒在企鹅与鸻类间的传播机制，填补了南极病毒生态学数据的空白。

RESULTS

1. 病毒检测：在凯尔鸻粪便样本（F1596）中检出DeltaCoV，覆盖深度达2240.26×，未发现AIVs。
2. 基因组特征：系统发育分析显示该病毒属于Buldecovirus分支I，与巴布亚企鹅毒株聚集成簇（UFbootstrap=92）。
3. 宿主范围：凯尔鸻的食腐行为可能促进病毒从企鹅幼体向其传播，但需验证主动感染能力。
4. 其他病毒：同步检出轮状病毒（Rotavirus）和小RNA病毒（Picornavirales），反映南极病毒多样性。

DISCUSSION
Delta冠状病毒在南极鸟类中的长期存续（2014-2023）暗示其可能通过两种途径传播：

• 跨物种跳跃：凯尔鸻与企鹅的生态重叠（如共栖地与食卵行为）促进病毒交换。
• 广宿主适应性：病毒ORF1ab-polyprotein的保守性（94.71%相似性）支持多宿主感染假说。

研究局限性包括环境样本可能存在的污染，但高病毒载量（单样本全长基因组）支持活动性感染推论。尽管未检出AIVs，2023年南极首例高致病性H5N1的报道凸显持续监测的必要性。

MATERIALS AND METHODS

1. 样本采集：2023年南极夏季于14个站点采集粪便，使用病毒运输培养基保存。
2. 测序技术：Illumina NextSeq平台结合核糖体RNA去除策略，经metaSPAdes组装获得病毒contigs。
3. 生物信息学：采用DIAMOND blastx比对病毒数据库，IQ-TREE构建系统发育树（TIM2+F+I+G4模型）。

CONCLUSIONS
南极Delta冠状病毒的发现为理解极地病毒进化提供了关键线索。未来需结合血清学与宿主病理学研究，评估病毒对企鹅等濒危物种的实际威胁，并建立基于One Health框架的南极病原体预警系统。