1964年乌干达非洲猪瘟病毒历史分离株Uganda-898近全基因组测序揭示基因型X（现9型）的分子特征

乌干达研究人员针对非洲猪瘟病毒(ASFV)基因型分类的历史空白，对1964年分离的Uganda-898株进行全基因组测序。通过Illumina平台结合SPAdes组装技术，获得185,347 bp近全基因组序列（GC含量38.6%），确认其属于基因型9（原X型），为ASFV进化研究和疫情溯源提供了关键分子数据。

　　

非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)这个Asfarviridae家族的唯一成员，正是引发家猪致命性出血热疾病——非洲猪瘟(ASF)的元凶。乌干达作为ASF流行区，1964年采集的Uganda-898分离株在零下80°C沉睡半个多世纪后，被研究人员用猪原代巨噬细胞复苏传代，揭开了其基因奥秘。

测序大戏从MagMAX试剂盒提取病毒DNA开场，Nextera XT文库搭台，Illumina MiSeq平台以500循环双端测序唱主角。56百万条经过fastP修剪的优质读长（Phred≥20），在bwa-mem2指挥下先与ASFV Georgia 2007/1株基因组共舞，再与猪(Sus scrofa)基因组划清界限。SPAdes以21-99多变k-mer策略拼出185,347核苷酸的基因组拼图，GC含量38.6%的密码本里藏着195个基因。

特别有趣的是，这个历史毒株的p72基因全序列分析显示，它属于当代基因分型体系中的9型（旧称X型），与乌干达2001-2012年流行的IX型形成鲜明对比。虽然5′和3′端重复序列因技术限制缺席，但872×的超高覆盖度让这个38.6%GC含量的基因组足够可靠。这场跨越半个世纪的基因组解密，不仅为ASFV进化树添上新枝，更给非洲猪瘟疫情防控提供了历史对照的分子罗盘。