洪都拉斯艰难梭菌RT027和RT002基因型的基因组与表型特征及流行病学意义

推荐：研究人员针对洪都拉斯医院内持续流行的超毒力耐药艰难梭菌（Clostridioides difficile）RT027基因型及新兴RT002基因型开展基因组与表型研究，通过二代和三代全基因组测序（WGS）及抗菌药敏试验（AST），揭示了RT027的多重耐药性、院内传播事件及RT002的社区获得性感染潜力，为拉丁美洲CDI防控提供了关键数据。

　　

艰难梭菌感染（CDI）是全球医院内腹泻的主要病因，其超毒力基因型RT027因多重耐药性和高致死率备受关注。在拉丁美洲，尽管CDI研究逐步增加，但洪都拉斯等国的流行病学数据仍匮乏。2016年洪都拉斯首次报道RT027暴发后，其持续传播机制及新兴基因型的威胁亟待解析。

Friedrich-Loeffler-Institut等机构的研究人员对洪都拉斯两家医院的31株临床分离株（29株RT027/ST1和2株RT002/ST8）展开研究。通过结合牛津纳米孔（ONT）和Illumina双平台测序的混合组装策略，辅以抗菌药敏测试（AST）和生物信息学分析（Clostyper流程），揭示了RT027的持久流行特征及RT002的潜在人畜共患风险。论文发表于《Journal of Hospital Infection》，为资源有限地区的CDI防控提供了科学依据。

关键技术包括：1）基于ONT长读长和Illumina短读长的混合基因组组装；2）核心基因组SNP（cgSNP）和cgMLST分析；3）抗菌药敏表型与耐药基因（如erm(B)、tet(M)）关联分析；4）移动遗传元件（MGE）筛查；5）EnteroBase数据库的全球基因组比对。

研究结果
3.1 基因型分布
所有菌株均产毒素A/B，PCR-ribotyping和MLST确认RT027/ST1（93.5%）和RT002/ST8（6.5%）两种基因型，后者为洪都拉斯首次报道。

3.2 基因组特征
RT027菌株携带4种转座子（如Tn6194like），介导四环素（tet(M)）和红霉素（erm(B)）耐药；RT002无MGE但含bla_CDD
耐药基因。cgSNP分析显示RT027菌株间差异≤7 SNP，其中1株与2016年历史菌株仅差1 SNP，证实其持续传播。

3.3 耐药谱差异
RT027对莫西沙星（gyrA_T82I
突变）、四环素、利奈唑胺（MIC 8-32 μg/dL）全耐药；RT002仅对克林霉素低耐（MIC 8 μg/dL）。所有菌株对甲硝唑和万古霉素敏感。

3.4 临床关联
71%患者曾使用头孢菌素，39%用大环内酯类。RT002病例入院间隔仅9天，提示院内传播可能。

结论与意义
该研究首次证实洪都拉斯存在RT027的跨医院克隆传播（2016-2019年），其耐药基因库（如vanR_{Cd_T115A}
）可能通过MGE扩散。RT002的检出警示社区-医院传播链风险。作者建议采取"一体化健康"策略：1）加强手卫生与患者隔离；2）限制氟喹诺酮类滥用；3）建立基因组监测网络。研究为拉丁美洲耐药CDI的溯源与防控提供了模板，尤其对抗生素管制松散地区具有政策指导价值。