线粒体DNA HVRII(Poly-C)和HVRIII(Poly-CA)串联重复变异在印度科拉加部落中的法医与群体遗传学意义

本研究针对线粒体DNA(mtDNA)在法医鉴定中的局限性，聚焦印度科拉加部落的HVRII(Poly-C)和HVRIII(Poly-CA)串联重复变异。通过分析41份样本，发现(CA)4 和C8 重复序列的高频分布及显著异质性，揭示其作为法医补充标记的潜力。研究首次报道该部落与东亚人群的遗传亲近性，为南亚史前迁徙提供新线索。

　　

在法医科学和人类遗传学领域，线粒体DNA(mtDNA)因其高拷贝数和母系遗传特性，成为降解样本分析的重要工具。然而，传统研究中常忽视D-loop区的串联重复序列变异——这些被称为"分子钟的暗物质"的片段，可能隐藏着群体分化和疾病关联的关键信息。印度西南海岸的科拉加部落，作为长期被边缘化的原始族群，其独特的遗传背景为探索这些问题提供了理想模型。

Yenepoya（被视为大学）的研究团队在《Egyptian Journal of Medical Human Genetics》发表的研究，首次系统分析了科拉加部落mtDNA中HVRII(303-309 np的Poly-C)和HVRIII(514-524 np的Poly-CA)的变异特征。研究采用酚-氯仿法提取DNA，针对41份样本进行特异性PCR扩增，通过电泳图谱分析结合rCRS序列比对确定重复次数，并运用主成分分析(PCA)解析群体遗传关系。

研究结果
CA重复变异特征
在HVRIII区域检测到(CA)₄
(53.66%)、(CA)₅
(34.15%)和(CA)₆
(12.20%)三种变异，其随机匹配概率(0.4194)和判别力(0.5806)表明该标记具有中等鉴别效能。值得注意的是，(CA)₆
这一罕见变异与南印度穆斯林、乌拉里库鲁曼部落共享，暗示跨族群的古老基因流。

Poly-C异质性现象
HVRII区域的Poly-C tract呈现C₇
(28%)、C₈
(48.8%)和C₉
(18.3%)多态分布，其判别力(0.6499)优于CA重复。这种长度异质性(Heteroplasmy)可能与造血功能异常相关，为后续研究部落高发的贫血症提供了分子线索。

群体遗传学发现
PCA分析显示科拉加部落与东亚人群的遗传距离近于南亚群体，其中Kuntu氏族与乌拉里库鲁曼部落形成独立聚类，而Onti氏族呈现过渡特征。这种精细的氏族分层结构，颠覆了将部落视为遗传均质群体的传统认知。

讨论与意义
该研究证实mtDNA串联重复变异具有双重价值：法医学上，Poly-C标记的判别力超越常规CA重复，可作为降解样本分析的补充指标；人类学上，(CA)₆
的分布模式为南亚与西亚的史前联系提供了新证据。特别重要的是，科拉加不同氏族间的遗传差异，提示未来研究需避免"部落均质化"假设。

研究还提出了若干未解之谜：Poly-C长度变异与贫血症的潜在关联、CA重复的群体特异性选择机制等。这些发现不仅为法医DNA数据库增添了亚洲原住民数据，更开辟了通过微小重复序列追踪人类迁徙的新途径。正如作者Ranajit Das强调的："这些曾被忽视的‘基因标点符号’，可能正在讲述一部被遗忘的南亚史前史。"