鹿源新型耐磷霉素Macrococcus capreoli sp. nov.的发现及其耐药机制研究

研究人员从马鹿和狍的粪便及鼻腔样本中分离出5株革兰氏阳性球菌，通过16S rRNA、MALDI-TOF MS和全基因组测序证实其为Macrococcus属新种，命名为Macrococcus capreoli sp. nov.。该菌株具有独特的低耐盐性（<7.5% NaCl）和内在fosB介导的磷霉素耐药性，基因组分析揭示其缺乏glpT/uhpT转运体。研究为Staphylococcaceae家族耐药基因传播机制及野生动物微生物组研究提供新视角。

　　

在微生物耐药性日益严峻的背景下，Macrococcus作为Staphylococcaceae家族的重要成员，其携带的耐药基因可能通过水平转移影响金黄色葡萄球菌等病原体。然而，该属的物种多样性和生态分布仍存在大量未知。近期发表在《Systematic and Applied Microbiology》的研究首次报道了从德国南部野生马鹿(Cervus elaphus)和狍(Capreolus capreolus)分离的Macrococcus新种，揭示了其独特的生物学特性与耐药机制。

研究团队通过Baird-Parker选择性培养基从粪便和鼻腔样本中分离出5株菌株（TMW 2.2395^T
等），结合MALDI-TOF MS质谱和16S rRNA测序（100%一致性）初步鉴定为Macrococcus属。全基因组测序（Illumina MiSeq）显示其基因组大小2.4-2.5 Mb，GC含量34.8-35.1%，通过AutoMLST构建的系统发育树证实其与M. goetzii等近缘种的ANI值<79.59%，dDDH<23%，符合新种标准。

关键技术包括：1) 基于Illumina平台的二代测序与Unicycler组装；2) 使用JspeciesWS和Enveomics包计算ANI/AAI值；3) CRISPRCasFinder预测防御系统；4) 表型分析（API 50 CHB/E生化鉴定、抗生素敏感性试验）；5) 化学分类学分析（脂肪酸谱、呼吸醌检测）。

【研究结果】

1. 分离与生态学：菌株在粪便样本中达10⁵
   CFU/g，扫描电镜显示0.8-1 μm的簇状球菌，覆盖粘液基质。

2. 系统发育分析：82个保守基因串联分析表明，新种与M. bohemicus等形成独立分支，16S rRNA相似性≤98.8%。

3. 基因组特征：携带fosB同源基因（与M. canis LIO21相似度75%），但缺乏glpT/uhpT转运体基因。Islandviewer 4分析显示fosB未位于基因组岛，降低水平转移风险。

4. 化学分类学与生理学：主要脂肪酸为C_14:0
   、C_16:0
   和C_18:0
   （合计>75%），MK-6为优势呼吸醌（98.6%）。盐耐受性显著低于近缘种（<7.5% NaCl），首次报道β-葡萄糖醛酸酶活性。

5. 抗生素耐药性：磷霉素MIC>512 μg/mL（通过琼脂稀释法验证），对新生霉素敏感，但对溶菌酶具有抗性。

【结论与意义】
该研究正式描述Macrococcus capreoli sp. nov.，其模式菌株TMW 2.2395^T
保藏于DSMZ（DSM 113939^T
）。研究发现该物种可能通过"双重机制"（fosB表达+转运体缺失）产生磷霉素耐药，这对临床治疗MRSA的备用抗生素选择具有警示意义。β-葡萄糖醛酸酶活性和高饱和脂肪酸比例提示其适应肠道环境，为野生动物-微生物互作研究提供新模型。研究者建议加强Macrococcus属在耐药基因库中的监测，特别是fosB在Staphylococcaceae中的传播风险。