基于全基因组重测序的中国陕西微小扇头蜱基因组多样性及选择信号分析

本研究针对蜱虫作为疾病传播媒介的重大公共卫生问题，通过全基因组重测序技术（Whole-genome resequencing）对中国陕西地区的微小扇头蜱（Rhipicephalus microplus）种群进行基因组多样性分析。研究人员结合12例新测序样本与公共数据库126例数据，鉴定出1.32亿个SNPs和1529万个InDels，揭示中国种群分为中部、南部和西南部三大分支，并发现与杀虫剂抗性、金属离子转运相关的选择信号基因。该研究为蜱媒疾病防控提供了重要分子靶点，成果发表于《Veterinary Parasitology》。

　　

蜱虫作为仅次于蚊子的第二大疾病传播媒介，每年造成全球数十亿美元的经济损失。在中国，微小扇头蜱（Rhipicephalus microplus）因携带31种病原体而被视为畜牧业的重大威胁。随着高通量测序技术的发展，解析蜱虫基因组变异特征成为防控其传播疾病的关键突破口。西北农林科技大学的研究团队在《Veterinary Parasitology》发表的最新研究，首次系统揭示了中国陕西地区微小扇头蜱的基因组特征。

研究采用Illumina平台（150 bp双端测序）对12例陕西汉中的野外样本进行全基因组重测序，结合国家基因组科学中心的126例公共数据，以BIME_Rmic_1.3参考基因组为基准进行比对（平均覆盖深度10.51×）。通过GATK进行变异检测，使用ADMIXTURE和TreeMix分析种群结构，并运用π和F_ST
统计量计算选择信号。

【Genomic data acquisition and refinement】
研究整合138例样本数据，新测序样本平均比对率达95.4%。质量控制后获得1.32亿个SNPs（转换/颠换比2.15）和1529万个InDels，其中插入突变693万次。

【Analysis of autosomal whole-genome variation】
中国种群分为中部（陕西）、南部和西南部三大分支。陕西群体核苷酸多样性（π=2.47×10^-3
）显著低于南方群体（π=3.12×10^-3
），提示地理隔离导致遗传分化。线粒体基因组分析显示母系遗传谱系与常染色体存在差异，反映雌雄迁移模式不同。

【Discussion】
选择信号分析鉴定出CYP450家族等杀虫剂抗性基因（F_ST

0.25），以及金属转运蛋白（如ZnT7）和过氧化物酶（GPX4）等应激响应基因。这些基因可能与陕西地区农药使用压力和环境适应相关。

该研究首次绘制了中国微小扇头蜱的精细遗传图谱，发现种群分化受地理屏障和杀虫剂选择压力共同驱动。鉴定出的抗性基因为蜱虫防控提供了分子靶标，而线粒体与核基因组差异提示需结合双亲遗传标记进行种群动态监测。西北农林科技大学团队建立的基因组数据库，为后续蜱媒传染病研究奠定了重要基础。