马来西亚新发牛结节性皮肤病病毒基因组分析与时空分布揭示跨境传播的重组毒株

本研究针对马来西亚首次爆发的牛结节性皮肤病（LSD）开展全基因组测序与时空分布分析，揭示了跨境牛只流动导致的重组毒株（Clade 2.5.1）传播路径。研究人员通过全基因组测序（PP145891-PP145892）和系统发育分析，发现马来西亚毒株与中国、越南、泰国及印尼毒株高度同源，证实疫情与泰国跨境输入直接相关。该研究为东南亚地区LSDV防控提供了关键分子流行病学证据，强调了跨境合作与基因组监测的必要性。

　　

牛结节性皮肤病（Lumpy Skin Disease, LSD）是一种由痘病毒科（Poxviridae）山羊痘病毒属（Capripoxvirus）引起的牛类烈性传染病，以皮肤结节、发热和淋巴结肿大为特征。尽管该病致死率仅1-5%，但发病率可超40%，对畜牧业造成巨大经济损失。2021年5月，马来西亚首次报告LSD疫情，短短7个月内蔓延至半岛65个行政区，而当地55.7%的牛群采用散养模式，防控难度极大。更棘手的是，马来西亚此前无LSD流行史，牛群完全缺乏免疫力，且该国18.9%的活牛依赖进口——这些因素共同构成了疫情暴发的完美风暴。

为破解病毒来源与传播机制，马来西亚兽医服务局的研究团队对首批分离毒株展开全基因组测序与时空动态分析。他们采用Illumina平台对5株病毒进行测序，其中MVZT2331/Bera/2021和MVZT2725/Kuantan/2021成功组装出145kb的完整基因组（GenBank: PP145891-892）。通过BLAST比对和IQ-TREE构建最大似然树，发现马来西亚毒株属于Clade 2.5.1重组谱系，与中、越、泰、印尼毒株聚簇，而与非洲古典株NI-2490（NC003027）分化明显。时空分析显示，疫情沿泰国边境向南部呈波浪式扩散，与跨境活牛贸易路线高度吻合。

关键发现包括：

1. 基因组特征：马来西亚毒株与疫苗株基因相似性高于古典野毒株，但在ITR（末端反向重复序列）区域存在特异性变异。
2. 传播路径：65个疫区中，北部吉打州最早暴发，随后沿西海岸南下至柔佛州，与泰国-马来西亚活牛运输走廊重叠。
3. 跨物种感染：除699例牛感染外，还发现首例野生白肢野牛（Seladang）感染，提示病毒可能突破物种屏障。

讨论部分指出，Clade 2.5.1重组株在东南亚的快速扩散凸显现行疫苗保护效力的不确定性。作者建议建立跨国基因组监测网络，重点监控泰国-马来西亚边境的活畜流动。该研究不仅填补了东南亚LSDV分子流行病学空白，更为WTO动物卫生通报（WOAH notification）提供了科学依据。正如论文结论强调："跨境传播的病毒需要跨境解决方案"——这项发表在《The Veterinary Journal》的工作，为区域联防联控树立了标杆。