菲律宾发酵鱼源Limosilactobacillus fermentum BIL20/BIL24基因组解析：揭示抗菌/抗真菌生物合成基因簇的益生潜力

本研究报道了从菲律宾发酵鱼中分离的Limosilactobacillus fermentum BIL20和BIL24的高质量基因组草图，通过Illumina NovaSeq6000测序和生物信息学分析，发现其携带59/56个生物合成基因簇（BGCs），涉及非核糖体肽（NRPs）、聚酮化合物等，其中52/49个BGCs具有潜在抗菌活性，3/2个显示抗真菌特性。该研究填补了菲律宾发酵食品源乳酸菌（LAB）基因组数据的空白，为开发新型益生菌提供分子基础。

　　

菲律宾阿拉亚特地区的传统发酵鱼制品（burong isda）中，科学家们分离出两株具有益生潜力的乳酸菌——Limosilactobacillus fermentum BIL20和BIL24。这些小家伙不仅能在胆汁盐和酸性环境中顽强生存，还能分泌抑制致病真菌的代谢产物。

通过Illumina NovaSeq6000平台进行151 bp双端测序，获得覆盖度842X（BIL20）和414X（BIL24）的基因组数据。SPAdes组装显示，两者基因组大小约1.99 Mb，GC含量52.05%，携带238个contig。有趣的是，DeepBGC预测发现BIL20藏着59个生物合成基因簇（BGCs），包括52个抗菌、3个抗真菌和3个细胞毒性相关簇；BIL24则携带56个BGCs，其中49个可能参与抗菌作战。

这些基因工厂能生产非核糖体肽（NRPs）、聚酮化合物等"生化武器"。更妙的是，基于GTDB数据库的鉴定确认它们属于Limosilactobacillus fermentum家族，但菌株水平上各具特色。该发现为开发"菲律宾特色"益生菌提供了分子蓝图，或许未来某天，这些源自发酵鱼的小战士能成为对抗超级细菌的秘密武器。