澳大利亚缓生根瘤菌基因型A与P代表菌株全基因组解析及其共生机制研究

来自法国的研究人员针对澳大利亚本土豆科植物共生体系，完成了缓生根瘤菌(Bradyrhizobium)基因型A(BDV5028)和P(BDV5111)代表菌株的全基因组测序。研究采用ONT MinION长读长测序技术，结合Flye组装和BUSCO评估，获得染色体长度分别为8.39Mb和9.94Mb的完整基因组，GC含量约62.5%，BUSCO完整度超99%。该成果为解析澳大利亚特有根瘤菌-植物共生系统提供了关键遗传参考。

　　

科研团队成功破译了澳大利亚特有缓生根瘤菌(Bradyrhizobium)两大优势基因型的完整基因组。基因型A代表菌株BDV5028分离自博斯西木(Bossiaea ensata)，而基因型P代表菌株BDV5111则源自细叶戴维斯豆(Daviesia leptophylla)。

研究采用前沿的纳米孔测序技术(ONT MinION)，通过FLO-MIN112流动槽获取长读长数据，经Flye软件组装获得单条环状染色体。引人注目的是，BDV5111基因组达9.94兆碱基，比BDV5028(8.39Mb)多出近18%的遗传信息。质量控制显示两组数据覆盖深度分别为45×和129×，BUSCO评估完整度高达99.2%-99.5%。

这些基因组携带约7500-9000个蛋白编码基因，均含有完整的核糖体RNA操纵子(5S/16S/23S rRNA)。值得注意的是，基因型P表现出更活跃的基因复制现象(1.3%重复BUSCO基因)，其409个假基因数量远超基因型A的174个，暗示二者存在不同的进化轨迹。

研究过程中运用了多项生物信息学"利器"：Medaka进行序列抛光，Minimap2实现读段比对，IGV可视化校验。最终基因组注释由NCBI原核基因组注释管道(NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline)自动完成，相关数据已存入GenBank数据库(GCA_049949275和GCA_049949265)。这项成果为揭示澳大利亚特殊生态环境下根瘤菌-宿主协同进化提供了分子蓝图。