同倍体杂交揭示八倍体草莓起源之谜：基于网状系统发育与转座子定年的多倍体基因组解析

为解决多倍体植物进化史中杂交、不完全谱系分选(ILS)和祖先种缺失导致的溯源难题，研究人员通过整合北美二倍体新测序数据，运用网状系统发育(reticulate phylogenetics)和混合分析(admixture analyses)，揭示了八倍体草莓(Fragaria)亚基因组A供体在分化前存在已灭绝/未采样物种的基因渗入(introgression)，并利用长末端重复转座子(LTR)年龄分布推算出其多倍化事件发生于约0.8/2/3百万年前。该研究构建了同时解决祖先鉴定、渗入检测和年代估算的整合分析框架，为多倍体系统研究提供新范式。

　　

多倍体植物的进化拼图总是充满挑战——杂交事件、谱系分选的不完全性(ILS)，再加上那些消失的二倍体祖先，让八倍体草莓(Fragaria)这类"基因组缝合怪"的身世成了悬案。这项研究像侦探般抽丝剥茧：通过给北美二倍体"新证人"(F. viridis等)做基因测序"笔录"，结合网状系统发育(reticulate phylogenetics)和混合群体分析(admixture analyses)，发现八倍体亚基因组A的供体在演化路上曾与一个"幽灵物种"(已灭绝/未采样)有过基因交流(introgression)。更妙的是，研究者开发出基于长末端重复转座子(LTR)的"分子钟"，像碳14测年般精准推算出：八倍体、六倍体和四倍体祖先分别在80万、200万和300万年前登上进化舞台。这些发现不仅解释了为何前人会把F. viridis误认为亚基因组C/D供体，更揭示了同倍体杂交(homoploid hybridization)在草莓演化中被低估的"编剧"角色。这套整合分析工具包，未来或许能解开更多多倍体生物的"身世之谜"。