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小鼠全基因组硫转移酶(SULT)超家族基因鉴定与发育表达谱解析:揭示SULT7A1进化新机制与代谢调控网络
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年06月21日 来源:In Silico Research in Biomedicine
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本研究通过全基因组分析鉴定了小鼠21个SULT基因,首次系统揭示SULT7A1的进化起源与功能特性。研究人员整合多组学数据,发现SULT基因在胚胎发育阶段普遍表达,其中SULT1a1在成年期表达量最高。该研究为理解硫代谢调控网络和药物解毒机制提供新视角,对揭示哺乳动物适应性进化具有重要意义。
硫转移酶(SULT)作为催化硫酸基团转移的关键酶家族,在药物代谢、激素调节和解毒过程中发挥核心作用。尽管前人已对SULT1-6家族进行了广泛研究,但新发现的SULT7A1的进化起源和功能特性仍存在重大知识空白。特别是在小鼠模型中,SULT基因家族的完整图谱、发育表达模式及其在多物种中的保守性尚未系统阐明。
来自University of Okara的研究团队在《In Silico Research in Biomedicine》发表的研究,通过整合生物信息学与转录组学技术,首次完成了小鼠SULT超家族的全景解析。研究不仅鉴定了21个SULT基因(包括新发现的SULT7A1),还揭示了其在胚胎发育阶段的动态表达规律,并发现SULT1a1在成年肝脏中呈现最高表达量。这些发现为理解硫代谢的发育调控提供了分子基础。
研究采用四大关键技术:1)基于GRCm39基因组版本的BLAST同源基因鉴定;2)最大似然法构建跨物种系统发育树;3)MEME和GSDS工具分析保守基序与基因结构;4)STRING数据库预测蛋白互作网络。所有分析均使用最新发布的胚胎和成年小鼠肝脏转录组数据(GSE90195等)。
【Genome-wide identification and distribution】
研究鉴定出21个SULT基因分属7个家族,其中SULT2家族成员最多(9个)。SULT7A1作为新成员,与其它家族氨基酸序列相似性仅29.7-34.4%。理化性质分析显示SULT蛋白分子量范围22.5-42.1kDa,等电点5.32-8.25,主要定位于细胞质。
【Phylogenetic relationship】
最大似然法系统发育树显示,SULT7A1与啮齿类近缘物种(如M. pahari)聚为一支,而与灵长类伪基因明显分化。SULT4/6/7形成独立进化枝,提示可能存在共同祖先。
【Conserved motifs】
Motif分析发现SULT2A亚家族特有7/9/10号基序,而SULT7A1缺失4/5/6号保守基序。基因结构显示外显子数量4-7个,其中SULT2a2仅含4个外显子,结构最为简单。
【Chromosomal mapping】
基因定位揭示不均匀分布特征:10个SULT基因密集分布于7号染色体,形成明显基因簇。共发现6对重复基因,包括位于17号染色体的Sult1a2/1c2串联重复对。
【Synteny analysis】
多物种共线性分析发现,Sult1a1/1b1/2b1在哺乳动物中高度保守。小鼠与褐家鼠(R. norvegicus)共线性最强(9对基因),提示啮齿类特有的基因扩张事件。
【Evolutionary rates】
Ka/Ks分析显示所有重复基因对比值均<1(如Sult6b1/7a1=0.38),表明SULT家族经历强烈的纯化选择。其中Sult2a1/2a2比值最高(0.67),暗示相对宽松的选择压力。
【Protein-protein interaction】
PPI网络划分为三大功能模块:Cluster1(红色)主要参与类固醇和胆汁酸磺化;Cluster2(绿色)与芳基硫转移活性相关;Cluster3(蓝色)调控硫酸腺苷酰转移过程。
【Expression analysis】
胚胎发育转录组显示,所有SULT基因在14.5天均表达(FPKM>1),而成年期SULT1a1表达量激增(TPM=486.43)。SULT2a1/2a8等5个基因在成年肝脏中持续高表达。
【Function enrichment】
KEGG分析鉴定22条代谢通路,包括药物代谢-细胞色素P450(ko00980)和硫代谢(ko00920)等关键途径。GO富集显示SULT主要参与"磺基转移活性"(GO:0008146)和"异生物质代谢"(GO:0006805)。
该研究首次系统描绘了小鼠SULT超家族的进化图谱,揭示SULT7A1通过独特的结构变异获得新型底物特异性(如α,β-不饱和羰基化合物)。发现SULT2B1在胆固醇稳态中的核心地位,为代谢性疾病研究提供新靶点。多物种比较显示SULT1/2家族在哺乳动物中高度保守,而SULT7A1仅在啮齿类和鱼类具有功能活性,这一发现为理解酶家族的功能进化提供典型案例。
研究局限性在于缺乏实验验证,未来需通过酶动力学测定和基因敲除模型确认SULT7A1的生理功能。尽管如此,该工作建立的基因组资源和分析框架,将为药物代谢、解毒机制和进化发育生物学研究提供重要参考。特别是SULT在胚胎期的普遍表达特征,提示其在发育编程中可能发挥尚未认知的调控作用,这为后续转化医学研究指明了新方向。
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