基于计算机辅助药物发现的Solanum torvum植物源芳香化酶抑制剂治疗PCOS不孕症的机制研究及与FDA批准药物的比较分析

【字体: 时间:2025年06月21日 来源:In Silico Research in Biomedicine

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  本研究针对多囊卵巢综合征(PCOS)导致的不孕症,通过计算机辅助药物设计(in silico)结合体外实验(in vitro)方法,系统研究了Solanum torvum植物提取物对关键酶芳香化酶(PDB ID:3S79)的抑制作用。研究发现芦丁(Rutin)具有最优结合亲和力(-9.6 kcal/mol)和稳定性(MM-PBSA自由能-176.57 kJ/mol),其抗氧化(DPPH IC50 82.94 μg/mL)和抗糖尿病(α-淀粉酶抑制IC50 143.8 μg/mL)活性验证了其治疗潜力,为开发新型植物源PCOS治疗药物提供了重要依据。

  

多囊卵巢综合征(PCOS)是困扰全球7%-15%育龄女性的常见内分泌疾病,不仅导致不孕不育,还显著增加代谢综合征和妇科肿瘤风险。尽管被称为"21世纪的阿司匹林"的二甲双胍(Metformin)和克罗米芬(Clomifene)等药物被广泛使用,但现有治疗方案存在抗雌激素副作用、多胎妊娠风险等问题,且尚无针对PCOS的特效药物。更棘手的是,PCOS患者发生2型糖尿病(T2DM)的风险是健康女性的8倍,这使得寻找新型治疗靶点和药物迫在眉睫。

在这背景下,来自中国的研究团队将目光投向了传统药用植物水茄(Solanum torvum Swartz)。这种属于茄科的植物在亚洲多国被用于治疗贫血、月经不调等病症,其果实含有丰富的黄酮类、甾醇类和生物碱等活性成分。研究团队创新性地采用计算机辅助药物发现(in silico drug discovery)策略,结合体外实验验证,系统评估了水茄提取物作为植物源芳香化酶(Aromatase)抑制剂的治疗潜力,并与四种FDA批准药物进行对比研究。

研究采用了多学科交叉的技术路线:首先通过PrankWeb工具预测芳香化酶(PDB ID:3S79)的活性位点;使用AutoDock Vina进行分子对接筛选20种植物化合物和4种商业药物;采用GROMACS 2023.2进行100 ns分子动力学(MD)模拟评估复合物稳定性;运用MM-PBSA方法计算结合自由能;通过密度泛函理论(DFT)分析电子特性;最后通过DPPH、H2O2清除实验和α-淀粉酶/α-葡萄糖苷酶抑制实验验证体外活性。

蛋白质活性位点鉴定结果显示,芳香化酶的Pocket 1具有最高口袋评分(61.46)和概率评分(0.977),包含38个关键氨基酸残基如Arg115、Ile133等,被选为后续研究的结合位点。药物相似性和口服毒性预测表明,水茄来源的芦丁(Rutin)符合Lipinski五规则,且毒性等级为V类(LD50 5000 mg/kg),安全性优于部分商业药物。

分子对接分析获得突破性发现:在20种植物化合物中,芦丁(Rutin)以-9.6 kcal/mol的结合能位居榜首,显著优于商业药物司匹酮(Spironolactone,-8.2 kcal/mol)。特别值得注意的是,螺甾烷(Spirostane,-9.2 kcal/mol)和茄碱(Solasonine,-9.1 kcal/mol)也显示出优异的结合潜力。PLIP相互作用分析揭示芦丁与Arg115、Ala306等关键残基形成稳定的氢键网络,这为其高效抑制提供了结构基础。

100 ns分子动力学模拟数据令人振奋:蛋白-芦丁复合物展现出最低的RMSD值(0.76±0.08 nm),表明结构波动最小;半径回转(Rg)分析显示其复合物最紧凑(2.45±0.01 nm);氢键分析证实芦丁平均形成2.76个氢键,峰值达8-9个,远高于其他配体。这些数据从动力学角度证实了芦丁-芳香化酶复合物的超强稳定性。

深入的能量分析更强化了这一发现:MM-PBSA计算显示芦丁具有最低的结合自由能(-176.57 kJ/mol),其中范德华相互作用(-179.38 kJ/mol)和静电作用(-97.18 kJ/mol)贡献突出。DFT理论计算揭示芦丁的HOMO-LUMO能隙最小(0.1109 eV),分子静电势(MEP)表面显示其具有丰富的亲核区域,这些特性共同解释了其卓越的结合能力。

体外实验数据与计算结果高度吻合:水茄乙醇提取物(ESTF)展现出显著的抗氧化活性,DPPH和H2O2清除IC50分别为82.94 μg/mL和118.01 μg/mL;在抗糖尿病方面,其对α-淀粉酶和α-葡萄糖苷酶的抑制IC50值分别为143.8 μg/mL和249.9 μg/mL,其中α-葡萄糖苷酶抑制效果与阿卡波糖(Acarbose)相当(232.22 μg/mL)。这些结果证实了水茄提取物的多重药理活性,与计算机预测的芦丁功效高度一致。

这项研究的意义在于:首次系统揭示了水茄主要活性成分芦丁作为高效芳香化酶抑制剂的分子机制,其-9.6 kcal/mol的结合能和-176.57 kJ/mol的结合自由能均优于现有临床药物。研究创新性地将计算机辅助药物设计、分子动力学模拟与体外验证相结合,为开发新型植物源PCOS治疗药物提供了扎实的理论和实验基础。特别值得注意的是,芦丁不仅对芳香化酶表现出优异抑制活性,还兼具抗氧化和抗糖尿病功效,这恰好针对PCOS的三大病理特征:内分泌紊乱、氧化应激和胰岛素抵抗。该发现为开发多靶点、低毒性的PCOS治疗药物开辟了新途径,具有重要的临床转化价值。未来研究可进一步优化芦丁衍生物,并通过动物实验和临床试验验证其治疗效果,推动其向临床应用转化。

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