综述：SARS-CoV-2准种发展的驱动因素及其对新兴变异株和COVID-19的影响

这篇综述系统梳理了SARS-CoV-2准种（QS）在宿主内演化的驱动机制及其临床意义，重点探讨了准种（iSNVs）、缺陷病毒基因组（DVGs）与变异株（VOCs）的关联，揭示了RdRp/nsp14校对系统对突变率的调控作用，并提出基于家庭传播模型研究社区进化的新视角。

　　

Abstract
SARS-CoV-2自2019年出现以来，其准种（QS）动态成为研究焦点。传统RT-qPCR和共识测序常忽略宿主内单核苷酸变异（iSNVs）构成的准种群，而这些微小的基因差异可能通过缺陷病毒基因组（DVGs）或优势突变塑造变异株（VOCs）的进化轨迹。研究表明，奥密克戎（Omicron）的关键突变如S:Q498R曾以低频准种形式提前存在，暗示准种是病毒适应性的"基因储备库"。

Introduction
作为β属冠状病毒，SARS-CoV-2的RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）与非结构蛋白nsp14/nsp10构成的校对系统使其突变率低于HIV¹。但病毒仍通过点突变、重组等机制产生准种，形成包含主效毒株与次要谱系的异质性群体。值得注意的是，免疫抑制宿主的长期感染可能加速准种向VOCs的转化。

Role of defective viral genomes
缺陷病毒基因组（DVGs）虽无复制能力，却在维持准种多样性中扮演关键角色。RdRp在合成全长基因组（gRNA）和亚基因组RNA（sgmRNA）时产生的DVGs，与转录调控序列（TRS）的跳转机制共同构成了病毒进化的"分子试验场"。这种机制在近30kb的大基因组中尤为重要，可避免致死性突变积累导致的病毒灭绝。

Conclusion
现有证据表明，准种动态与临床结局存在潜在关联：① 低频突变可能预示未来VOCs特征；② 家庭传播链可反映社区进化模式；③ DVGs通过干扰素应答调节宿主免疫。但不同VOCs的准种特征存在显著异质性，亟需标准化深度测序方案。

Future perspectives
建立全球统一的准种分析框架将有助于：① 预测疫苗逃逸突变；② 优化抗病毒药物组合；③ 预警潜在高危变异株。尤其需要关注免疫抑制人群中的准种进化，这类宿主可能成为新VOCs的"孵化器"。

Definitions
关键术语需明确区分：变异株（Nextstrain分型）与谱系（Pangolin分型）具有不同分类维度，而TRS-L/TRS-B等调控元件的保守性直接影响sgmRNA的转录效率，这些概念对准种研究至关重要。

（注：全文严格基于原文内容缩编，未添加外部信息）