综述：RNA聚合酶II转录区室——从工厂模型到凝聚体理论

（编辑推荐）这篇综述系统梳理了RNA聚合酶II（Pol II）转录区室的研究进展，从传统"转录工厂"（transcription factories）模型到新兴"转录凝聚体"（transcriptional condensates）理论，揭示了相分离（phase separation）在三维基因组空间中介导cis-调控元件互作的关键机制，为理解基因调控的时空动态提供了新视角。

　　

转录区室的演化认知

早期研究将RNA聚合酶II（Pol II）密集分布的核内焦点称为"转录工厂"，认为这些固定位点同时完成转录起始、延伸及RNA加工。该模型因无法解释动态调控而备受争议。近年研究发现，转录相关蛋白可通过液-液相分离（LLPS）形成无膜细胞器——转录凝聚体，其动态特性为解释基因爆发式转录提供了新机制。

从静态工厂到动态凝聚体

传统转录工厂模型强调稳定的超分子复合体结构，而现代研究显示，转录因子（TFs）、中介体复合物（Mediator）和Pol II可通过内在无序区（IDRs）发生相分离，形成具有快速组分交换能力的凝聚体。这种相变过程受激酶（如CDK9）磷酸化调控，并能响应细胞信号动态重组。

三维基因组架构的调控逻辑

高分辨率染色质构象捕获（Hi-C）和活细胞成像证实，转录区室与染色质环（chromatin loops）、拓扑关联域（TADs）空间共定位。凝聚体可能作为"分子胶水"促进增强子-启动子互作，其形成的微环境可稳定转录机器与新生RNA（nascent RNA）的相互作用。

未解之谜与未来方向

尽管相分离理论解释了转录区室的形成机制，但具体分子开关及其在病理条件下的失调（如癌症中Pol II异常聚集）仍需探索。结合单分子成像和扰动实验，未来研究有望揭示转录区室动态与疾病表型的因果关系。