野生种群全基因组解析：九种爱情鸟（Agapornis）系统发育与保护基因组学研究

本研究针对爱情鸟（Agapornis）因人工杂交和栖息地破坏导致的遗传混杂问题，通过采集9种野生地理参照标本完成全基因组测序，首次提供无杂交干扰的参考基因组。团队采用Illumina Hi-Seq平台（2×150 bp）和SPAdes-Zanfona组装技术，获得覆盖度60-130x的高质量基因组（Scaffold N50达366 kb），为厘清物种演化关系及制定保护策略奠定基础。

　　

爱情鸟（Agapornis）作为非洲特有的小型鹦鹉，因其鲜艳羽色成为全球热门宠物，但人工繁殖导致的杂交和野外种群遗传混杂，严重干扰了物种分类与保护研究。过去基于线粒体标记或圈养个体的系统发育分析存在明显局限：样本来源混杂（如Eberhard 1998）、标记数量不足（Manegold & Podsiadlowski 2014），甚至误用可能含杂交背景的博物馆标本（Huynh et al. 2023）。更棘手的是，贸易逃逸个体与原生种群的自然杂交（McCarthy 2006），使得区分纯种基因特征变得困难。

为解决这一难题，由夸祖鲁-纳塔尔大学和世界鹦鹉信托基金会领衔的国际团队，在《Scientific Data》发表了首个基于野生地理参照标本的九种爱情鸟全基因组数据集。研究人员从美国德雷克塞尔大学自然科学院（ANSP）和菲尔德博物馆（FMNH）精选1907-1996年间采集的标本，严格依据三项标准筛选：地理隔离性（如纳米比亚21.85°S的A. roseicollis）、采集早于1980年代贸易高峰期、无异常表型特征。通过Illumina Hi-Seq平台（2×150 bp）测序，结合SPAdes v2.5组装和Zanfona参考基因组校正，最终获得1.0-1.4 GB大小的基因组（覆盖度60-130x），其中A. pullarius的Scaffold N50达366 kb，显著优于既往研究（Chen et al. 2019a-c）。

数据记录

所有9个物种的原始数据（SRR编码）和组装基因组（JAV/JA开头编号）均存储于NCBI GenBank（表2）。例如A. canus（灰头爱情鸟）样本采自马达加斯加23.11°S（FMNH 36687877），其基因组GCA_036873685.1包含1.1 GB序列，Scaffold N50为26.9 kb。

技术验证

采用Trimmomatic v0.33过滤低质量读段，FCS-GX去污染流程确保数据纯净度。值得注意的是，A. swindernianus（黑领爱情鸟）与A. pullarius虽分布重叠（图1），但生态隔离特性使其基因组未检测到杂交信号，印证了Lantermann（2004）的观察。

研究意义

该研究首次建立野生爱情鸟的基因组参考框架，其价值体现在三方面：（1）为厘清Agapornis属内争议关系（如A. swindernianus的系统地位）提供分子证据；（2）揭示A. nigrigenis（黑颊爱情鸟）等濒危物种的遗传多样性本底；（3）通过1907-1950年代"时间胶囊"标本，为评估人类活动对遗传完整性的影响建立基线。正如Dueker等（2023）强调，这些数据将直接支持IUCN红色名录评估，并为防控宠物贸易导致的基因污染提供科学依据。

研究团队特别指出，未来可结合功能基因组学探究爱情鸟羽色分化机制（如A. roseicollis的面部色素相关基因），但当前数据集已为进化生物学和保护实践树立了新标准。