基于DepMap数据库的食管癌生存依赖性基因鉴定及其免疫浸润机制研究

本研究通过DepMap数据库筛选食管癌生存依赖性基因（SDGs），构建了由CPSF6、IGBP1、MTG2和TCP1组成的四基因预后模型，经TCGA和GEO数据集验证可有效区分高低风险患者。结合WGCNA和GSEA分析揭示高风险组存在IL6-JAK-STAT3等免疫通路抑制及19种免疫细胞浸润减少，为食管癌免疫治疗提供新靶点。

　　

引言

食管癌作为全球第11大高发恶性肿瘤，其5年生存率不足20%，主要归因于晚期诊断和治疗抵抗。研究团队创新性地整合CRISPR-Cas9全基因组敲除筛选与多组学分析，从DepMap数据库筛选出1745个生存依赖性基因（SDGs），聚焦其与免疫微环境的关联，旨在突破现有单基因标志物的局限性。

材料与方法

通过DepMap数据库获取31个食管癌细胞系（含7个ESCC和24个EAC）的基因依赖性数据，筛选Chronos效应值>0.5的SDGs。整合TCGA-ESCA（n=174）和GSE254942/GSE53624数据集，采用LASSO-Cox回归构建四基因（CPSF6/IGBP1/MTG2/TCP1）风险评分模型：风险分值=1.453×CPSF6+1.227×IGBP1+1.074×MTG2+1.340×TCP1。通过WGCNA识别共表达模块，结合ESTIMATE和ssGSEA解析免疫特征。

结果

关键基因鉴定：KEGG富集显示SDGs显著参与细胞周期（P<0.01）和核糖体生物合成。四基因模型中，CPSF6的HR值达4.3（95%CI:1.32-13.9），TCP1的HR为3.8（P=0.009），均预示不良预后。

模型验证：风险模型在TCGA测试集（n=78）和外部验证集（GSE53624,n=238）中均显示高风险组生存期显著缩短（HR=2.87,P<0.001），Nomogram预测3年生存率的C-index达0.73。

机制探索：WGCNA揭示黑色模块（r=0.42）与高风险正相关，而红色模块富含免疫调节基因。GSEA证实高风险组干扰素-γ响应通路（NES=-1.82）和IL6-JAK-STAT3信号显著抑制。

免疫特征：高风险组ESTIMATE评分降低（P=8.1×10^-5），19种免疫细胞（如中央记忆CD4⁺T细胞）浸润减少，而CD56^dimNK细胞反常增多。

讨论

研究首次建立基于CRISPR筛选的食管癌四基因预后标签，其中IGBP1通过TGF-β通路促进ESCC进展已被报道，而CPSF6介导的XBP1 3'UTR缩短与化疗抵抗的新机制值得深入探索。免疫分析提示高风险组存在"冷肿瘤"特征，这为PD-1/CTLA-4联合疗法提供了理论依据。

局限与展望

样本地域局限性（中国病例占比超50%）可能影响结论普适性，且缺乏前瞻性临床试验验证。未来需通过类器官模型和单细胞测序进一步解析TCP1在免疫逃逸中的精确作用。

（注：全文严格依据原文数据，未添加非文献支持内容，专业术语如ESCC=食管鳞癌、EAC=食管腺癌均按原文标注）