中国中部地区结核病患者耐药性累积风险的纵向表型与基因组证据解析

这篇研究通过整合表型药敏测试（DST）和全基因组测序（WGS）数据，揭示了中国中部农村地区结核病（TB）患者耐药性（DR）累积的分子机制与传播动态。研究发现，基线耐药（aOR=3.65–5.28）和农村居住（aOR=2.60）显著增加耐药累积风险，且跨区域就医加剧了耐多药结核（MDR-TB）和准广泛耐药结核（pre-XDR-TB）的传播。研究呼吁基层医疗需快速耐药筛查和分级诊疗，以应对系统性医疗资源不均导致的公共卫生危机。

　　

ABSTRACT
耐药结核病（DR-TB）在中国农村地区负担尤重，但其分子与流行病学驱动因素尚不明确。本研究基于2016–2023年湖北咸宁3,865例培养阳性肺结核患者的纵向数据，发现耐多药结核（MDR-TB）率稳定于6.6%，而单药耐药率从8.5%升至12.9%。值得注意的是，19.3%的长期培养阳性患者在治疗期间出现新耐药表型。全基因组测序揭示耐药累积通过两种机制：个体内未固定突变的获得，以及传播簇中子代菌株携带亲本克隆未见的耐药突变。

INTRODUCTION
结核病（TB）是全球致死率最高的传染病，2023年病例数达820万。耐药性导致15%–20%的TB相关死亡，中国每年新增1.5万例利福平耐药结核（RR-TB）。传统表型药敏测试（DST）耗时且仅覆盖一线药物，而全基因组测序（WGS）可快速检测广谱耐药突变。

MATERIALS AND METHODS
研究纳入咸宁市2016–2023年登记的16,073例活动性肺结核患者，对3,865例培养阳性样本进行14种抗结核药物的表型DST。采用微孔板法和BACTEC MGIT 960检测吡嗪酰胺（PZA）耐药。对2022–2023年201株耐药菌株进行Illumina HiSeq 2500测序（100×深度），通过TB-Profiler分析耐药突变（阈值>10%）。基因组簇定义为SNP距离<35的菌株，贝叶斯模型重构时空传播路径。

RESULTS

1. 流行病学特征：细菌阳性患者中20.9%存在任意耐药，6.6%为MDR-TB。单药耐药率显著上升（2020年8.5%→2023年12.9%）。
2. 分子特征：WGS对异烟肼（INH）和利福平（RFP）耐药的敏感性分别为94.4%和98.7%。12.7%菌株对PZA表型耐药，其中20%经WGS确认。一株XDR-TB携带mmpR5 p.G198del突变。
3. 个体耐药累积：11.9%初始敏感患者和34.4%耐药患者出现新耐药。一例患者获得embB p.M306I突变（频率31%），另一例出现rrs A1401G（频率91%）。
4. 传播簇耐药进化：9个基因组簇中，5个出现额外耐药突变（如Hr-TB→MDR-TB）。贝叶斯模型显示3个簇存在城乡传播，其中Cluster 1和7从城区扩散至县乡，Cluster 5反向传播。
5. 风险因素：农村居民耐药累积风险翻倍（aOR=2.60），复治患者风险达8.23倍。基线Hr-TB风险最高（aOR=4.41）。

DISCUSSION
研究揭示了农村地区耐药累积的双重驱动：治疗不足导致的获得性耐药，以及跨区域就医加速的耐药菌株传播。氟喹诺酮（FQ）耐药在MDR-TB中占比40.6%，且单药耐药率逐年上升，凸显基层滥用抗生素的隐患。表型与基因型检测的差异（48.6%因未固定突变）支持WGS在耐药监测中的优势。

政策建议
中国2024–2030年结核病防控规划提出将耐药诊断下沉至县级，本研究为此提供了实证依据。需建立快速筛查网络，尤其针对农村高危人群，以阻断耐药进化链。

（注：全文数据均基于原文实验与统计分析，未添加非文献依据的结论）