健康儿童粪便来源胆固醇代谢菌Stenotrophomonas acidaminiphila ZCMU-Sa01全基因组测序及功能解析

来自浙江中医药大学的研究人员通过对6岁健康儿童粪便样本的梯度稀释与厌氧培养，成功分离出一株能以胆固醇和二氧化碳为碳源的新菌株Stenotrophomonas acidaminiphila ZCMU-Sa01。该研究采用PacBio和Illumina双平台测序获得3.8 Mb完整基因组（GC含量68.93%），鉴定出11个胆固醇转运相关基因，为肠道微生物胆固醇代谢机制研究提供了重要资源。

　　

在浙江中医药大学（北纬30.1754°，东经120.1488°）的实验室里，研究人员从一名6岁健康儿童的粪便样本中开启了一项有趣的探索。经过甘油添加和梯度稀释（10^?2至10^?6）处理后，样本在充满二氧化碳的脱氧矿物盐培养基中进行了为期2-3天的厌氧培养，胆固醇作为唯一碳源的角色令人瞩目。

经过多次传代纯化，一株革兰氏阴性菌脱颖而出。16S rRNA基因测序（使用引物27F/1492R）揭开了它的身份——Stenotrophomonas acidaminiphila家族的新成员，被命名为ZCMU-Sa01。更精彩的是，这株菌在42℃的LB液体培养基（含1%氯化钠，pH=6）中展现出强劲的生长能力。

研究团队采用PacBio Sequel和Illumina NovaSeq 6000双平台测序策略，获得了覆盖深度达936×的高质量基因组数据。经过SMRT Link组装和Pilon校正，最终获得3,848,402 bp的环状染色体（GC含量68.93%），包含3,392个蛋白编码基因——其中11个与胆固醇运输密切相关。有趣的是，基因组中还藏着62个tRNA、9个rRNA甚至3个前噬菌体区域，但未见质粒踪迹。

这项研究不仅为微生物胆固醇代谢网络提供了新的拼图，其采用的g-TUBES片段化、SMRTbell文库构建等前沿技术也为环境微生物组研究树立了标杆。特别值得一提的是，CheckM评估显示基因组完整度高达99.76%，堪称微生物基因组研究的精品案例。