加拿大食品源多重耐药性Serratia菌株全基因组解析：揭示S. liquefaciens、S. fonticola与S. nevei的致病与耐药机制

来自加拿大食品检验局的研究人员针对食源性机会致病菌Serratia属（含S. liquefaciens、S. fonticola和S. nevei）开展全基因组测序研究，通过Illumina MiSeq和Nanopore MinION双平台测序技术，完成6株分离自加拿大不同食品的菌株高质量基因组组装，揭示其携带的毒力因子(VF)、抗生素耐药基因(AMR)、重金属抗性(MR)及质粒分布特征，为食源性致病菌防控提供重要分子流行病学数据。

　　

在加拿大食品中潜伏着一群"隐形威胁"——属于肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的Serratia属革兰氏阴性菌。这些环境适应力极强的微生物不仅能在牛肉、生菜、桃子等常见食品中存活，更携带多种"武器库"：毒力因子(VF)使其可能引发机会性感染，而抗生素耐药基因(AMR)则让临床治疗面临挑战。

研究团队采用"双保险"测序策略：Illumina MiSeq平台产生精确短读长(300 bp)，结合Nanopore MinION的长读长优势(平均N₅₀达17.3-24.3 kb)，成功解析6株菌的完整基因组。这些5.33-5.95 Mbp的环形基因组中，GC含量呈现显著物种差异——S. nevei高达58.9-59.7%，而S. fonticola仅53.7%。

令人警惕的是，这些"食品旅行者"均携带丰富耐药元件：SR10菌株(S. nevei)检出20个金属抗性基因(MR)，SR06(S. fonticola)则携带6个酸抗性基因(AR)。质粒分析显示，S. liquefaciens SR02携带3个质粒，可能介导耐药基因的水平转移。

通过创新性应用NanoPhase混合组装流程，结合AMRFinderPlus和PathoFact等生物信息学工具，研究者首次系统描绘了加拿大食品源Serratia菌株的分子特征谱。这些发现如同为食品安全监测装上"基因雷达"，为追踪耐药菌传播链提供了关键分子标记。