鱼类潜在病原体乳酸乳球菌IFLLLBEK1的全基因组测序及致病性分析

来自印度的研究人员针对水生养殖中出现的鱼类病原体问题，对分离自印度小鲤鱼（Labeo bata）的乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）IFLLLBEK1菌株进行了全基因组测序（PacBio Sequel II）和致病性研究。该菌株基因组大小为2.56 Mb（GC含量35%），携带1个糖肽类抗生素耐药基因，通过生物膜和游动性实验证实其强致病性（24小时内致宿主100%死亡率）。研究为水产养殖病原防控提供了关键基因组资源（NCBI登录号CP169315-CP169316）。

　　

东加尔各答湿地（北纬22°55′，东经88°44′）的养殖场中，印度小鲤鱼（Labeo bata）出现嗜睡、厌食及体表溃疡出血症状。研究人员通过胰蛋白酶大豆琼脂（TSA）平板分离出乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）IFLLLBEK1菌株，其染色体（CP169315）和质粒（CP169316）经PacBio Sequel II平台测序显示：2.5 Mb染色体含2,425个编码基因，68 kb质粒携带4个潜在耐药基因。

该菌株在体外实验中表现出显著生物膜形成能力（参照文献5的结晶紫染色法）和游动活性（半固体培养基法），注射感染实验导致宿主24小时内全部死亡。基因组注释发现1个严格型糖肽类耐药基因（通过CARD数据库验证），系统发育树（CLC Genomics Workbench构建）显示其与芬兰发酵乳制品菌株亲缘最近。

测序采用8-10 kb文库（Megaruptor 3剪切）和HiFi reads（CCS v6.2.0校正），经Flye v2.9.3组装后获得99.29%完整度的环状基因组。有趣的是，平均核苷酸一致性（ANI）分析显示与参考菌株CP065736相似度达98.07%，但携带独特的毒力因子组合。研究数据已存入NCBI（BioProject PRJNA1152940），为水产养殖业病原监测提供分子标记。