基于高通量测序的三种裂腹鱼微卫星引物筛选及其在遗传多样性分析中的应用

　　 摘要:

为了解祁连裸鲤(Gymnocypris chilianensis)、黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)和嘉陵裸裂尻鱼(S. kialingensis)3种高原裂腹鱼类不同群体间遗传分化程度和遗传多样性，采用高通量测序技术对3种裂腹鱼基因组进行随机测序，筛选出微卫星位点设计引物，通过毛细管荧光电泳分型筛选出21对多态性较高的3个物种通用引物。利用21对通用引物对16个群体309尾个体的基因组DNA进行扩增，其中，祁连裸鲤5个群体110尾个体，黄河裸裂尻鱼6个群体72尾个体，嘉陵裸裂尻鱼5个群体127尾个体。祁连裸鲤黄羊群体遗传多样性最高(等位基因数Na为1.442，有效等位基因数Ne为1.314，香浓指数I为0.203，Nei’s基因多样性指数h为0.203，多态位点百分率P为44.24%)，张掖群体最低(Na 1.042，Ne 1.042，I 0.029，h 0.021，P 4.24%)；黄河裸裂尻鱼祁连群体遗传多样性最高(Na 1.539，Ne 1.193，I 0.206，h 0.127，P 53.94%)，石门群体最低(Na 1.236，Ne 1.126，I 0.120，h 0.078，P 23.64%)；嘉陵裸裂尻鱼石门群体遗传多样性最高(Na 1.351，Ne 1.152，I 0.147，h 0.094，P 35.15%)，舟曲群体最低(Na 1.181，Ne 1.089，I 0.088，h 0.057，P 18.18%)。总体来看，黄河裸裂尻鱼的遗传多样性高于祁连裸鲤和嘉陵裸裂尻鱼。不同种内各群体间遗传参数差异相对较小，表明各群体间遗传多样性水平相近。贝叶斯基因型聚类分析显示，黄河裸裂尻鱼(黄羊群体)和祁连裸鲤(黄羊群体)之间、黄河裸裂尻鱼(石门群体)和嘉陵裸裂尻鱼(石门群体)之间存在种间基因渐渗现象。研究筛选出的微卫星位点多态性较高，对3种裂腹鱼16个群体的遗传多样性进行评价，可以有效评估其种质资源状况，为裂腹鱼类资源保护提供遗传数据依据。