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胰岛素的双重性:整合生物信息学与机器学习揭示2型糖尿病关键基因的调控机制
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年06月25日 来源:Biochemistry and Biophysics Reports 2.3
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本研究通过高通量RNA测序技术,结合生物信息学分析和机器学习算法,首次系统揭示了胰岛素治疗对2型糖尿病(T2DM)患者外周血单个核细胞(PBMCs)的分子调控网络。研究发现IL-6、RETN等8个关键基因与胰岛素双向作用密切相关,实验验证显示胰岛素可降低ROS水平和单核细胞-内皮细胞黏附,但可能加剧血管损伤。该研究为优化T2DM胰岛素治疗方案提供了新靶点,发表于《Biochemistry and Biophysics Reports》。
在全球糖尿病患病率激增的背景下,2型糖尿病(T2DM)的胰岛素治疗始终存在"双刃剑"争议——既能有效控制血糖,又可能加速胰岛β细胞衰竭和血管并发症。国际糖尿病联盟预测,到2045年全球糖尿病患者将突破7亿,而胰岛素作为终极控糖手段,其长期使用导致的氧化应激、炎症反应和血管损伤机制尚未阐明。天津医科大学眼科医院团队在《Biochemistry and Biophysics Reports》发表的研究,首次通过多组学整合分析揭开了这一谜题。
研究团队采用"干湿结合"的创新策略,对16例T2DM患者(8例胰岛素治疗组DM R+,8例非胰岛素组DM R-)的外周血单个核细胞(PBMCs)进行RNA测序。通过DESeq2筛选差异表达基因(DEGs),结合STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI),并运用随机森林(RF)机器学习模型筛选关键基因。实验验证采用流式细胞术检测活性氧(ROS)水平和吞噬功能,内皮-单核细胞黏附实验观察血管损伤指标。
3.1 患者特征与数据质量
基线数据显示两组患者在年龄、病程和HbA1c水平上无统计学差异(P>0.05),排除了混杂因素干扰。RNA-seq数据重复性良好(R>0.8),共鉴定出529个DEGs。
3.3 PPI网络鉴定枢纽基因
通过Cytoscape分析发现,IL-6、ALB、CTSG等8个基因构成核心调控网络。其中IL-6在PPI网络中节点度最高,与糖尿病并发症密切关联。
3.4 机器学习验证关键靶点
随机森林模型(ntree=500,mtry=4)显示IL-6的重要性评分最高,其表达在DM R+组显著下调(OOB误差9.09%)。该结果与PPI网络分析相互印证,提示IL-6是胰岛素调控炎症的核心介质。
3.5 功能富集分析
GO分析显示差异基因富集于细胞外基质组织(P=9.31E-07)和真菌防御反应(P=0.00013)。GSVA揭示蛋白酶体通路(P=0.011)和核糖体通路(P=0.012)在DM R+组显著抑制,而亚油酸代谢通路激活(P=0.01)。
3.6 转录因子调控网络
ChEA3数据库分析发现CEBPE、ZNF366等10个关键转录因子。其中CEBPE与中性粒细胞蛋白酶CTSG/ELANE表达正相关(R>0.59),而转录抑制因子ZNF366上调与IL-6下调呈现显著负相关(R=-0.63)。
3.8 实验验证
流式细胞术证实DM R+组的ROS水平、吞噬功能和白细胞黏附均显著降低(P<0.001)。DAPI染色显示内皮细胞黏附减少,这与IL-6下调导致的炎症减轻一致。
讨论与意义
该研究首次绘制了胰岛素治疗的分子图谱:一方面通过抑制IL-6/NF-κB轴减轻炎症(表现为ROS和蛋白酶体通路下调),另一方面却上调了血管损伤因子RETN和中性粒细胞蛋白酶CTSG/ELANE。这种"双重性"解释了临床观察到的矛盾现象——胰岛素虽能改善胰岛素抵抗,但可能加速血管病变。
特别值得注意的是,CEBPE转录因子与CTSG/ELANE的协同上调机制,为解释胰岛素治疗患者血管并发症风险提供了新依据。而ZNF366-GTF2B-IL-6调控轴的发现,则揭示了胰岛素在转录水平抑制炎症的精确开关。
研究的创新性在于将生物信息学预测(发现IL-6的核心地位)与实验验证(ROS和黏附功能检测)有机结合,克服了小样本研究的局限性。尽管存在种族单一性等不足,但为开发"扬长避短"的新型胰岛素辅助疗法(如联合CEBPE抑制剂)提供了理论依据,对实现T2DM精准治疗具有重要临床意义。
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