靶向宏基因组下一代测序技术在肺炎诊断中的应用价值与混合感染临床意义研究

这篇研究首次系统评估了基于捕获杂交的宏基因组测序(chNGS)、多重PCR靶向测序(tNGS)与传统方法(CTM)在肺炎诊断中的性能。研究发现COVID-19大流行后混合感染率高达41.4%，且与死亡率显著相关。chNGS总符合率(TCR)达64.1%，优于CTM(39.8%)；tNGS表现略优于chNGS，两者联用可将TCR提升至81.3%。研究为临床快速准确诊断肺炎病原体提供了重要循证依据。

　　

ABSTRACT
COVID-19大流行后，由于免疫力缺口导致重症肺炎患者混合感染率显著上升。研究首次系统评估了捕获杂交(chNGS)和多重PCR靶向测序(tNGS)的诊断价值。在110例疑似肺部感染患者中，99例确诊感染病例中混合感染占比41.4%。假单胞菌(22例)、耶氏肺孢子菌(15例)和SARS-CoV-2(13例)分别是细菌、真菌和病毒中最常见的病原体。

INTRODUCTION
肺炎仍是全球第四大死因，COVID-19后混合感染加剧了诊断挑战。传统方法(CTM)存在周转时间长、检测范围有限等缺陷，而宏基因组测序(mNGS)通过降低人源核酸比例提高灵敏度。研究重点比较了chNGS和tNGS这两种靶向富集技术的性能差异。

MATERIALS AND METHODS
研究纳入2022-2023年北京航天总医院110例患者，采集BALF(81.8%)、血液和痰液样本。采用CURB-65评分评估病情严重程度。chNGS采用Benzonase消化宿主DNA，tNGS则通过273种病原体特异性引物进行多重PCR建库。生物信息学分析采用hg38人源基因组过滤，构建包含25,863种病原体的专属数据库。

RESULTS
基线特征显示79.1%为男性，54.5%年龄>70岁。混合感染在死亡病例中占比突出：

1. 病原谱显示假单胞菌、肺炎克雷伯菌和粪肠球菌是主要细菌病原体
2. chNGS阳性率(98.1%)显著高于CTM(76.7%)，TCR达64.1%
3. tNGS在排除病毒性肺炎方面优势明显，未检出EB病毒等"假阳性"结果
4. CURB-65评分≥2组中，混合感染患者死亡率达20.7%

DISCUSSION
研究揭示了tNGS的三大优势：

1. 无需宿主DNA去除步骤，避免病原体丢失
2. 更适合区域性病原体监测
3. 经济负担显著低于常规mNGS
   值得注意的是，严格防疫措施导致的免疫力缺口可能是混合感染率升高的重要原因。未来应开发区域性tNGS检测panel，并开展多中心研究验证。

CONCLUSIONS
该研究证实混合感染与不良预后显著相关，靶向测序技术较传统方法具有明显优势。特别建议对重症肺炎患者优先采用tNGS或chNGS检测，而区域性tNGS的推广应用将大幅提升感染性疾病诊疗水平。