首个犬源马拉色菌(Malassezia pachydermatis)端粒到端粒(T2T)全基因组测序揭示其致病机制

美国伊利诺伊大学研究人员利用PacBio长读长测序技术，成功构建犬源马拉色菌(M. pachydermatis)ATCC 14522株的端粒到端粒(T2T)基因组图谱。该研究获得6条完整染色体（8.4Mb，GC含量55.3%），预测4,519个基因，相比现有参考基因组增加300余个基因，为解析该皮肤致病酵母的宿主互作机制奠定基础。

　　

在真菌界的马拉色菌属(Malassezia)中，犬源致病菌株M. pachydermatis ATCC 14522（分离自瑞典犬外耳炎病例）因其在宠物皮肤感染中的高检出率而备受关注。研究人员采用革命性的太平洋生物科学(PacBio)长读长测序技术，通过Revio平台生成30小时电影时间的环形一致性测序(CCS)数据（平均读长10,935bp），结合hifiasm组装软件构建出包含6条染色体的完美基因组拼图。

实验团队创新性地使用酚/氯仿抽提结合玻璃珠破碎法提取高质量DNA，经Megaruptor 3超声破碎至13kb后，通过Blue Pippin系统筛选7-50kb片段。最终获得的671×覆盖度组装体不仅包含经典端粒重复序列(5′-TGTTAG-3′)，还首次解析出包含5个完整拷贝的rDNA重复单元区域。通过BUSCO评估显示93%的真菌保守基因完整性，显著优于既往高度碎片化的参考基因组。

为精准注释基因功能，研究同步开展RNA-seq转录组分析：在沙氏(Sabouraud)和mDixon两种培养基中培养菌体，采用热酚法提取RNA后，利用Illumina NovaSeq 6000平台生成双端测序数据。通过funannotate流程预测的4,519个基因经InterProScan和eggNOG-mapper双重验证，揭示出该嗜脂性酵母潜在致病因子。

这项发表于NCBI数据库（登录号GCA_047368035.1）的研究成果，其1.84Mb的最大染色体和1.46Mb的N₅₀值，为阐明马拉色菌在哺乳动物皮肤定植的分子机制提供了黄金标准参考序列。