综述:科学工作流系统的术语体系

【字体: 时间:2025年06月25日 来源:Future Generation Computer Systems 6.2

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  这篇综述系统梳理了科学工作流系统(WMS)的发展脉络,提出由五大核心轴(工作流结构、组合方式、编排机制、数据管理和元数据捕获)构成的术语体系,为领域研究者选择适合的WMS提供了标准化评估框架。文章基于工作流社区倡议(WCI)的共识,对23个活跃WMS进行多维度分类,解决了因系统功能重叠但特性分化导致的选型难题。

  

科学工作流系统的术语革命

Abstract
"科学工作流"这一概念历经二十年演变,已成为涵盖计算任务编排与数据流动的统称。随着数百种工作流管理系统(WMS)的涌现,领域研究者面临系统选型的核心难题——既无通用解决方案,又需权衡技术适配性与社区生态。本文提出的五轴术语体系,正是破解这一困局的钥匙。

Introduction
从福特流水线到现代科学计算,工作流技术始终是复杂流程建模的基石。科学工作流的独特之处在于其动态性:既能描述传统有向无环图(DAG),又可容纳带循环分支或人机交互的异构流程。当高性能计算(HPC)与云原生技术碰撞,工作流管理系统(WMS)的百花齐放反而加剧了选型困惑。工作流社区倡议(WCI)通过德尔菲法式讨论,最终凝练出这套兼顾技术深度与实用性的术语框架。

Axes of scientific workflow systems
五大特征轴如同解剖WMS的手术刀:

  1. 结构特性轴:区分静态DAG与动态工作流,后者支持运行时任务增删
  2. 组合轴:可视化编排工具与脚本化DSL语言的博弈
  3. 编排轴:集中式调度器与去中心化执行的哲学差异
  4. 数据管理轴:从粗暴传输到智能缓存的进化谱系
  5. 元数据轴:PROV标准与自定义Schema的兼容策略

Surveying existing workflow systems
23个WMS在术语体系下的分类呈现有趣格局:

  • 老牌系统如Taverna长于生物医学领域的可视化编排
  • 新锐派如Nextflow凭借容器化数据流水线异军突起
  • 跨界选手如Apache Airflow在云原生场景展现弹性

Process to define the terminology
术语制定过程本身堪称"元工作流"实践:通过六次社区峰会迭代,采用卡诺模型区分基础功能与创新特性。特别值得注意的是对"近数据处理"概念的争议——最终将其归入数据管理轴而非独立成类,体现了实用主义倾向。

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相较于早期基于架构的分类法,本术语体系创新性地引入"人机协同"维度。例如将Galaxy系统的交互式调试能力归类为结构特性轴的"可中断工作流"子项,而非简单标记为GUI功能。

Conclusion
这套术语体系如同化学元素周期表,既揭示了WMS的底层规律,又为未来系统设计预留扩展空间。当量子计算工作流等新范式涌现时,只需在现有轴上添加新术语而非重构框架——这正是社区智慧的结晶。

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