Kanniadu山羊全基因组选择信号解析：揭示肉用性状的遗传基础与育种潜力

本研究通过高通量全基因组重测序技术（~10X），对印度本土肉用型Kanniadu山羊进行基因组选择信号分析，结合Jakhrana（奶肉兼用）和Saanen（高产品种）的对比数据，采用θπ、复合似然比（CLR）和群体分化指数（FST）方法，鉴定出261个（θπ）和1,700个（CLR）受选择基因，其中52个重叠基因与脂肪沉积（WARS2）、生长性状（TBX15）等关键功能相关，并发现PI3K-Akt、mTOR等通路显著富集，为山羊分子育种提供重要理论依据。

　　

山羊作为最早被驯化的家畜之一，其遗传多样性对人类文明发展具有重要意义。然而，针对印度本土肉用型Kanniadu山羊的基因组研究仍属空白，其优异肉用性状的遗传机制尚未阐明。这一问题制约了该品种的遗传资源保护和分子育种进程。为此，印度国家动物遗传资源局的研究团队联合多家机构，通过全基因组重测序技术揭示了Kanniadu山羊的独特选择信号，相关成果发表于《Small Ruminant Research》。

研究采用Illumina Novaseq 6000平台对Kanniadu（n=10）、Jakhrana（n=10）和公共数据库的Saanen（n=10）样本进行150 bp双端测序，经FastQC质控后使用BWA比对到山羊参考基因组（ARS1），通过GATK鉴定出2,250万SNPs和370万INDELs。运用θπ、CLR和F_ST方法分析选择信号，并开展GO和KEGG通路富集分析。

动物采样
团队从泰米尔纳德邦和拉贾斯坦邦采集Kanniadu与Jakhrana血样各10份，确保样本无亲缘关系，并整合NCBI的Saanen数据构成对比队列。

基因组测序与变异检测
测序平均深度达9.11X，覆盖99.5%基因组。在Kanniadu中发现的变异主要分布于内含子区（61.3%）和外显子区（1.2%），为后续分析奠定数据基础。

选择信号分析
染色体16、25和23上的强选择区域包含IPO9（肌肉生长）、LMOD1（平滑肌功能）等关键基因。CLR与θπ共同鉴定的52个重叠基因中，WARS2（脂肪代谢）、TBX15（骨骼发育）和RNPC3（生长调控）尤为突出。

通路富集
显著富集的PI3K-Akt和mTOR通路与细胞增殖、凋亡密切相关，而MAPK和EGFR通路提示环境适应性的分子机制。

讨论与结论
该研究首次系统解析了Kanniadu山羊的基因组特征，发现其选择信号与Jakhrana、Saanen存在显著分化。TBX15和DCN等基因的鉴定为理解山羊体型差异提供分子依据，WARS2等脂肪代谢相关基因的发现则揭示了肉品质的遗传基础。值得注意的是，染色体23上的PTPRR可能通过调控肌肉纤维类型影响肉质。这些成果不仅填补了印度本土山羊基因组研究的空白，更为标记辅助选择和基因组育种提供了精准靶点，对提升发展中国家山羊产业竞争力具有战略意义。