逆转录病毒科2024年分类学更新：双名法命名体系构建与病原学意义解析

本期推荐：国际病毒分类委员会(ICTV)要求病毒物种名称采用"属名+种加词"的双名法格式。逆转录病毒科(Retroviridae)研究团队对65个逆转录病毒物种进行系统命名修订，建立以宿主缩写+疾病特征为标准的种加词规则，保留经典病毒名称如HIV-1的同时规范物种分类体系，为新型逆转录病毒的鉴定分类提供标准化框架。

　　

逆转录病毒是一类能将RNA基因组逆转录为DNA并整合入宿主细胞基因组的特殊病毒，其成员包括人类免疫缺陷病毒(HIV)和多种动物源性病原体。这类病毒不仅引发艾滋病、白血病等重大疾病，其基因组整合特性还导致约8%的人类基因组由内源性逆转录病毒(ERV)序列构成。尽管逆转录病毒研究已逾百年，其分类体系仍存在命名混乱问题——物种名称或源自疾病特征（如禽白血病病毒），或取自发现者姓名（如Moloney鼠白血病病毒），这种非标准化命名给新病毒分类带来困扰。

为响应国际病毒分类委员会(ICTV)2021年提出的双名法命名要求，来自德国萨尔大学、美国弗雷德·哈钦森癌症中心等13个机构的Jens Mayer、Daniel Blanco-Melo等病毒学家，对逆转录病毒科65个物种进行系统重命名。研究团队在《Archives of Virology》发表的分类更新中，创新性建立"宿主缩写+疾病特征"的种加词规则：如HIV-1所属物种被命名为Lentivirus humimdef1（hum-人类，imdef-免疫缺陷），而含有癌基因的Rous肉瘤病毒更名为Alpharetrovirus avirousar（avi-禽类，rousar-肉瘤）。对于泡沫病毒亚科(Spumaretrovirinae)，则采用宿主拉丁学名缩写（如黑猩猩泡沫病毒命名为Simiispumavirus pantrotro）。

研究采用生物信息学分析方法，基于GenBank中代表性病毒株的全基因组序列（如HIV-1参考序列AF033819），通过比较基因组结构特征完成分类定位。对逆转录病毒典型元件——包括长末端重复序列(LTR)、gag（编码衣壳蛋白）、pol（含逆转录酶RT和整合酶IN）和env（编码包膜糖蛋白）基因的保守性分析，为物种划分提供分子依据。研究还剔除了Gardner-Arnstein猫肉瘤病毒等3个缺乏完整基因组数据的物种。

主要研究结果包括：

1. 基因组特征与分类框架
   通过对比Moloney鼠白血病病毒（Gammaretrovirus murleu）与HIV-1（Lentivirus humimdef1）的基因组结构，证实简单逆转录病毒（7-8kb）与复杂逆转录病毒（9-13kb）的差异主要在于辅助基因数量。泡沫病毒则表现出独特特征：其env基因内含内部启动子，且病毒颗粒通过内质网出芽成熟。

2. 双名法命名体系构建
   建立四类种加词规则：

• 疾病相关病毒：宿主前三个字母+疾病特征缩写（如禽白血病病毒→Alpharetrovirus avileu）
• 发现者命名病毒：发现者姓名缩写（如Fujinami肉瘤病毒→Alpharetrovirus avifujar）
• 癌基因病毒：加注""标识（如鼠肉瘤病毒MoMSV→Gammaretrovirus momursar）
• 泡沫病毒：宿主拉丁名缩写（如红毛猩猩泡沫病毒→Simiispumavirus ponpygpyg）

1. 特殊生物学意义注释
   研究强调内源性逆转录病毒(ERV)的进化贡献，如合胞素蛋白（syncytin）源自ERV的env基因，对胎盘形成至关重要。同时指出癌基因病毒（如RSV）的复制缺陷特性需辅助病毒共存。

该研究首次实现逆转录病毒分类体系与ICT V双名法要求的全面对接，其创新性命名规则既保留历史命名认知度（如HIV-1病毒名称不变），又通过标准化种加词实现分类可扩展性。这一工作为新型逆转录病毒的发现与归类建立规范框架，对病毒溯源研究、跨物种传播风险评估具有重要指导价值。研究揭示的逆转录病毒基因组结构多样性（如泡沫病毒独特的三聚体糖蛋白LP-SU-TM复合体），也为抗病毒靶点研发提供新思路。