综述:环肽治疗剂发现:计算与人工智能驱动策略

【字体: 时间:2025年06月28日 来源:Journal of Medicinal Chemistry 6.9

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  (编辑推荐)本综述系统阐释了计算技术(如AI、分子模拟)如何突破环肽(cyclic peptides)开发瓶颈,通过融合物理模拟与深度学习(DL)优化设计,靶向蛋白互作界面(PPIs),为复杂疾病提供创新疗法。

  

环肽药物的崛起与挑战

环肽(cyclic peptides)因其稳定的刚性结构和广谱结合能力,成为靶向蛋白-蛋白相互作用(PPIs)的理想候选。传统开发方法受限于合成成本高、构象搜索空间庞大等问题,而计算与人工智能(AI)技术的介入正重塑这一领域。

计算驱动的设计革命

物理建模与AI的协同
分子动力学(MD)模拟可解析环肽的构象景观(conformational landscape),而深度学习(DL)模型(如AlphaFold2变体)能预测结合亲和力。例如,通过迁移学习(transfer learning)缓解数据稀缺问题,实现纳摩尔级(nM)活性优化。

自动化合成验证闭环
高通量固相合成与液相色谱-质谱(LC-MS)联用技术加速了“设计-合成-测试”循环,将传统数月周期缩短至数周。

未来方向

开发多模态(multi-modal)数据库整合结构-活性数据,结合强化学习(RL)优化给药性能(如口服生物利用度),是下一代环肽药物的关键。

(注:全文严格基于原文缩编,未添加非原文结论)

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