佛蒙特州巴氏杀菌与生乳奶酪耐药基因组特征比较及对乳制品安全生产的启示

本研究针对乳制品中耐药基因(ARGs)传播风险，通过比较佛蒙特州巴氏杀菌与生乳奶酪在不同成熟阶段的耐药基因组(Resistome)特征，采用标准与裂解法DNA提取结合宏基因组分析，揭示巴氏杀菌奶酪核心中检出Bacillus cereus携带的B类β-内酰胺酶和磷霉素B耐药基因，而生乳奶酪则呈现与微生物群落动态相关的MLSB类耐药基因波动，为乳制品微生物耐药性防控提供重要依据。

　　

乳制品作为人类重要的营养来源，其微生物安全性一直备受关注。随着抗生素耐药性(AMR)问题日益严峻，奶酪等发酵乳制品中耐药基因(ARGs)的传播潜力引发学界担忧。现有研究多聚焦于生乳奶酪的微生物风险，而对巴氏杀菌奶酪这一更广泛消费品种的耐药基因组(Resistome)特征认识不足。更关键的是，奶酪生产过程中DNA提取方法的选择、成熟阶段微生物群落演变与耐药基因表达的关联机制尚未系统阐明。

针对这一科学问题，来自佛蒙特州的研究团队在《International Journal of Food Microbiology》发表论文，通过对比分析当地巴氏杀菌与生乳奶酪的耐药基因组特征，结合两种DNA提取方法和多时间点采样策略，揭示了不同加工工艺奶酪中耐药基因的分布规律及其微生物载体特征。

研究采用标准酚-氯仿与裂解法并行提取DNA，对奶酪核心(core)和外皮(rind)样本进行宏基因组测序，通过单核苷酸多态性(SNP)分析验证ARGs可靠性。样本队列涵盖佛蒙特州代表性奶酪在不同成熟阶段(0-120天)的纵向采集。

主要研究结果

1. 提取方法比较：标准法与裂解法对ARGs类别的检出无统计学差异，但裂解法在低生物量样本中表现更优。
2. 巴氏杀菌奶酪特征：核心样本检出Bacillus cereus携带的bla_B类β-内酰胺酶和fosB磷霉素耐药基因，证实巴氏杀菌后仍有耐热菌株存活。成熟时间与ARGs丰度呈负相关(r=-0.72)。
3. 生乳奶酪动态：成熟过程中大环内酯-林可酰胺-链阳霉素B(MLS_B)和噁唑烷酮耐药基因波动显著，与乳酸菌群落更替同步。
4. 关键微生物载体：宏基因组组装基因组(MAGs)分析显示Lactococcus lactis可能携带多重耐药基因簇，包括mef(A)-msr(D)外排泵系统。

研究结论强调，巴氏杀菌虽能降低ARGs负荷，但耐热芽孢杆菌的持续存在仍构成风险；而生乳奶酪中ARGs与微生物演替的耦合现象，提示需优化发酵菌种筛选标准。该成果为制定基于微生物群落的乳制品耐药性防控策略提供了理论依据，建议未来采用第三代测序技术克服GC偏好性对耐药基因检出的影响。