EBV编码的ebv-sisRNA-3通过G4/R-loop结构调控潜伏期EBV裂解复制的分子机制

本研究揭示了EBV编码的新型非编码RNA ebv-sisRNA-3在鼻咽癌和EBV相关胃癌中的广泛表达及其分子机制。研究人员通过多组学技术发现，ebv-sisRNA-3能与EBV基因组IR4区形成G4/R-loop复合结构，从而潜在抑制裂解复制起始。该研究为理解EBV潜伏期维持及肿瘤发生提供了新视角，对开发靶向病毒潜伏感染的治疗策略具有重要意义。

　　

研究背景
Epstein-Barr病毒（EBV）作为人类γ疱疹病毒家族成员，与多种淋巴瘤和上皮癌（如鼻咽癌和胃癌）密切相关。在潜伏感染阶段，病毒通过限制基因表达逃避免疫监视，其中非编码RNA（ncRNA）的调控作用日益受到关注。然而，EBV编码的稳定内含子序列RNA（sisRNA）在潜伏期中的功能机制仍是未解之谜。

研究机构与成果
香港中文大学研究团队在《Cell》发表重要成果，首次鉴定出EBV编码的新型sisRNA——ebv-sisRNA-3。该转录本来源于BART区域的RPMS1内含子，在潜伏感染的鼻咽癌和胃癌组织中高表达。研究发现ebv-sisRNA-3能反式入侵EBV基因组IR4区，同时形成G-四链体（G4）和R-loop结构，这些特殊核酸结构可能通过调控裂解复制起始位点（OriLyt）影响病毒生命周期。

关键技术方法
研究采用核糖体RNA去除测序（rRNA-depleted RNA-seq）鉴定非多聚腺苷酸化转录本；通过DNA:RNA免疫共沉淀测序（DRIP-seq/DRIPc-seq）绘制R-loop图谱；利用G4特异性抗体（BG4）染色质免疫沉淀（ChIP）检测内源性G4结构；结合圆二色谱（CD）验证G4体外形成能力；使用TMPyP4（G4稳定剂）进行功能验证。样本来源于患者源性异种移植模型（PDX）和临床肿瘤标本。

研究结果

1. ebv-sisRNA-3的发现与特征
   通过转录组分析发现5-7 kb的非多聚腺苷酸化转录本，RACE实验确定其定位于EBV基因组138500-146200 nt区域。Northern blot和RNA原位杂交（RISH）证实其在EBV阳性肿瘤细胞核内富集。

2. R-loop的形成机制
   DRIPc-seq揭示ebv-sisRNA-3的5'端与IR4区DNA形成RNA-DNA杂交体，RNase H处理可消除信号，证实其为功能性R-loop。

3. G4结构的鉴定与功能
   G4Hunter预测发现IR4区存在G4基序，CD光谱显示典型平行/混合型G4特征。G4 ChIP-qPCR显示IR4区有3-5倍富集，G4稳定剂TMPyP4可显著抑制裂解复制（降低50%病毒DNA拷贝数）。

结论与意义
该研究首次阐明ebv-sisRNA-3通过形成G4/R-loop复合体调控EBV裂解复制的分子机制：

1. 揭示EBV潜伏期新型调控因子，扩展了对BART区域非编码RNA功能的认识
2. 提出"核酸结构开关"假说——G4/R-loop可能作为分子屏障抑制OriLyt的复制起始
3. 为开发靶向G4的小分子药物（如TMPyP4类似物）提供理论依据

讨论延伸
研究发现EBV基因组存在381个潜在G4形成序列（PQS），其中EBNA1和EBER1启动子区的G4可能参与潜伏期基因表达调控。未来研究需解析ebv-sisRNA-3与宿主因子的互作网络，以及G4/R-loop动态变化与病毒生命周期转换的时空关系。该成果为理解病毒-宿主表观遗传调控开辟了新方向。