综述:倾斜还是不倾斜?原位冷冻电镜数据采集策略

【字体: 时间:2025年06月29日 来源:Current Opinion in Structural Biology 6.1

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  这篇综述深入探讨了原位冷冻电镜(cryo-EM)数据采集策略的权衡与优化,从单投影到断层扫描(cryo-ET)的连续谱系,强调如何通过剂量分配、倾斜方案设计(如混合策略)平衡高分辨率结构与细胞超微结构成像需求,为结构细胞生物学研究提供方法论指导。

  

迈向广义结构细胞生物学

近年来,冷冻电镜(cryo-EM)技术的突破性进展将分辨率推至~1 ?水平,结合蛋白质结构预测的革新,科学家已能解析或预测大部分已知蛋白质组的结构。随着聚焦离子束(FIB)铣削技术的成熟,冷冻含水细胞的电子透明切片得以制备,为在细胞原位揭示蛋白质的排列与相互作用提供了可能。研究焦点正从纯化蛋白转向细胞内分子机器的三维构象与功能关联。

当前数据采集策略

冷冻断层扫描:窥见细胞超微结构

冷冻电子断层扫描(cryo-ET)通过多角度倾斜成像重建三维断层图,可呈现20 ?分辨率的细胞超微结构,但辐射损伤限制了其分辨率提升。理论计算表明,即使采用液氦冷却或相位板等技术,细胞样本的信噪比(SNR)提升仍面临厚度(如200 nm样本SNR降低~2倍)与浓度(生理条件下300 mg/mL蛋白质浓度降低对比度30%)的双重挑战。克劳瑟准则(Crowther criterion)指出,10 ?分辨率需将单倾角曝光控制在<1 e?/?2以下,目前技术难以实现。

平铺策略:高分辨率原位结构生物学

非倾斜数据采集结合二维模板匹配(2DTM)可最大化高分辨率信号。例如,核糖体原位结构可达2.2 ?,小分子结合位点清晰可见。但该方法依赖已知高分辨率模型,且计算成本较高。理论预测显示,在100 nm厚样本中,严格阈值下可识别最小300 kDa的蛋白质(若存在先验取向信息可降至25 kDa)。

混合策略:平衡的艺术

混合方法在首张非倾斜图像中分配高剂量(16–30 e?/?2),后续进行标准倾斜系列,既能保留高分辨率信息,又通过断层扫描消除分子重叠干扰。例如,纤毛轴丝和兰尼碱受体的结构解析即受益于此策略。

策略谱系:从实验目标到方案设计

数据采集方案的选择需围绕生物学问题调整四个参数:倾斜数量、角度步长、采集顺序及剂量分配。例如:

  • 案例1:线粒体膜重塑研究需~50 ?分辨率,按克劳瑟准则需188个投影(±60°倾角,1°步长),单倾角曝光1.4 e?/?2
  • 案例2:原位高分辨率结构首选非倾斜策略,但若目标分子难以识别,可辅以稀疏倾斜(>3°步长)提升取向覆盖。
  • 案例3:低丰度小蛋白鉴定需权衡2DTM与3DTM的灵敏度,后者曾成功识别100 kDa微管蛋白二聚体,但阈值宽松可能引入假阳性。

未来展望

辐射损伤与信噪比瓶颈仍是核心挑战。随着像差校正器(Cc)和激光相位板等硬件发展,以及算法优化(如神经网络预训练降低计算成本),原位冷冻电镜的边界将持续拓展。理论模型的完善将更精准指导策略选择,推动结构细胞生物学进入分子水平全景解析时代。

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