美国田纳西州市政污水中三种肠炎沙门氏菌(Salmonella enterica)分离株的混合组装基因组及其高毒力特征解析

来自美国田纳西大学的研究团队针对全球性病原体肠炎沙门氏菌(S. enterica)的基因组多样性问题，通过Illumina和Nanopore双平台测序技术，完成了市政污水中两株Bareilly血清型和一株Typhimurium血清型菌株的混合组装。研究发现这些菌株携带151-152个毒力基因(包括SPI-1/2型III分泌系统)及多重耐药基因(如blaCMY-2、sul2等)，其毒力基因数量显著高于既往报道(100-130个)，为废水监测和病原体进化研究提供了重要数据支撑。

　　

在田纳西州诺克斯维尔市的市政污水处理厂中，科学家们捕获到三株不同寻常的肠炎沙门氏菌(Salmonella enterica)。通过结合Illumina短读长(151bp双端)和牛津纳米孔(ONT，N50约17-19kb)测序技术，研究团队像拼图大师般完成了这些菌株的基因组组装。

令人警惕的是，这些"污水居民"展现出惊人的武装库：UTK W1-0001菌株携带6种抗生素耐药基因(包括头孢菌素酶bla_CMY-2)，而所有菌株均装备了150+个毒力基因——远超普通菌株的100-130个标准配置。它们的武器清单包含能穿透宿主细胞的分子注射器(III型分泌系统T3SS)，以及帮助逃避免疫追杀的隐秘蛋白(mig-14)。

基因侦探们还发现，两株菌属于Bareilly血清型，另一株则是臭名昭著的Typhimurium血清型。这些数据就像病原体的"犯罪档案"，为追踪环境中的致病菌进化提供了关键线索。研究团队采用"混合组装"策略(Unicycler v0.4.8)，像用两种显微镜观察细胞般，既捕捉基因组的精细结构，又看清了大片段DNA的排布。

这项发现犹如在城市的"代谢废物"中发现了危险的微生物哨兵，提醒人们：污水处理系统可能是病原体进化的隐秘训练场。