澳大利亚新南威尔士州鸡肉生产链与蛋鸡养殖场中肠炎沙门氏菌血清型鼠伤寒的比较基因组分析

本研究针对食源性病原体肠炎沙门氏菌血清型鼠伤寒（STm）在澳大利亚禽类产业链中的传播问题，通过多级基因组分型（MGT）技术对959株分离菌株进行全基因组测序分析。研究发现ST19和ST2066为优势序列型，揭示了孵化场和种鸡场是STm传播的关键节点，并检测到blaTEM-1耐药基因的低流行率（5%）。该研究为实时生物安全防控提供了基因组学依据，对保障食品安全具有重要意义。

　　

研究背景
肠炎沙门氏菌血清型鼠伤寒（Salmonella enterica serovar Typhimurium, STm）是全球食源性疾病的主要病原体，禽类产品是其重要传播载体。尽管澳大利亚通过疫苗接种和生物安全措施控制STm，但其在禽类产业链中的传播机制仍不明确。尤其缺乏对种鸡场、孵化场到加工厂全链条的基因组流行病学研究，且抗菌素耐药性（AMR）监测存在空白。

研究设计与方法
澳大利亚新南威尔士州的研究团队对2021-2022年采集的959株STm分离株（涵盖种鸡场、孵化场、加工厂等6个生产环节）进行全基因组测序，采用多级基因组分型（Multilevel Genome Typing, MGT）技术解析菌株遗传特征。MGT1至MGT9分级系统用于区分长期与短期传播模式，同时通过生物信息学分析检测AMR基因。

研究结果

1. 基因组种群结构
   MGT1分型显示72.8%菌株属于ST19，27.2%为ST2066。MGT9高分辨率分型识别出545个序列型（ST），其中30个ST呈现跨生产环节传播特征，孵化场和种鸡场是主要传播枢纽。

2. 传播动态
   MGT5中80%菌株跨越2-6个生产环节，蛋鸡养殖场分离株与肉鸡生产链（除一级种鸡场）存在共享ST，提示交叉污染风险。

3. 耐药基因分布
   仅5%菌株携带bla_TEM-1基因，未发现其他AMR基因，反映澳大利亚禽类产业链AMR低流行现状。

结论与意义
该研究首次系统描绘了STm在澳大利亚禽类全产业链的传播图谱，证实基因组监测可精准识别污染关键节点。发现bla_TEM-1耐药基因的低流行为AMR防控提供基线数据。研究成果发表于《Food Microbiology》，为优化生物安全策略、阻断食源性病原体传播提供了科学依据，对保障全球禽类食品安全具有示范价值。