人类蛋白质组计划目标列表中PE5条目的重新评估与升级策略研究

为解决HUPO-HPP目标列表中76个PE5（存在性质存疑）蛋白编码基因的归类争议，研究人员通过整合文献、参考数据库及跨物种基因组比对证据，系统评估其蛋白质存在可信度。结果显示：17个条目应升级为PE1（实验证据确凿），15个保留转录证据但缺乏翻译证据，41个需进一步验证，仅3个维持PE5分类。该研究为HPP目标清单的精准构建提供了关键决策依据。

　　

在探索生命奥秘的征程中，人类蛋白质组宛如一部尚未完全破译的密码本。国际人类蛋白质组组织(HUPO)发起的"人类蛋白质组计划"(Human Proteome Project, HPP)旨在为所有19,433个蛋白编码基因提供高可信度的翻译证据。然而，当前UniProtKB数据库（2024_06版）中仍有76个基因被标注为PE5（Protein Existence level 5），意味着专业人工审阅者对这些基因能否真正编码蛋白质持怀疑态度。这些"身份存疑"的基因就像蛋白质世界里的"灰色地带"，它们是否应该继续留在HPP的目标清单中？这个问题直接关系到人类蛋白质组研究的完整性和准确性。

为解开这个科学谜团，研究人员开展了一项系统性评估研究。通过整合多维度证据链：包括全面检索已发表文献、分析参考数据库记录，以及进行跨物种基因组比对，团队对这76个PE5条目进行了"基因身份核查"。研究结果发表在《Journal of Proteome Research》上，为HPP目标清单的优化提供了重要决策依据。

关键技术方法包括：1）文献证据挖掘系统（覆盖PubMed等数据库）；2）多物种基因组保守性分析（基于Ensembl-GENCODE注释）；3）UniProtKB数据库PE分级标准应用；4）转录组数据与蛋白质组数据的交叉验证。

【证据等级重新划分】
通过整合实验证据发现，17个原PE5条目存在明确质谱检测或抗体验证数据，符合PE1（实验证据确凿）标准。例如基因X的多个独立研究均报道其蛋白质产物检测结果。

【转录证据支持组】
15个基因虽缺乏直接翻译证据，但具备：1）RNA-seq检测到的转录本；2）跨物种保守的开放阅读框；3）典型蛋白编码基因进化特征，提示可能为功能性基因。

【证据不足保留组】
41个条目既无翻译也无转录证据，但基因组特征仍保持蛋白编码基因的进化印记。这类"基因化石"的保留与否涉及数据库管理政策考量。

【维持PE5排除组】
仅3个条目经全面评估后仍最适合保留PE5分类，建议从HPP目标列表中移除，如基因Y在多个哺乳动物谱系中均出现阅读框破坏突变。

这项研究的意义在于首次系统解决了HPP目标列表中PE5条目的分类争议。通过建立多证据评估框架，将76%的原PE5条目（59个）重新归类为潜在功能性基因，极大丰富了人类蛋白质组的研究范围。特别是17个升级为PE1的条目，为后续功能研究提供了明确靶点。研究还提出了"进化印记保留但缺乏表达证据"这类特殊基因的处理建议，为国际蛋白质数据库的注释标准完善提供了重要参考。论文强调，随着检测技术进步，部分当前归类可能需要重新评估，建议建立PE状态的动态更新机制。