综述：系统发生学与分子进化在理解和遏制HIV大流行中的应用

（推荐语）本综述深入探讨了系统发生学（Phylogenetics）与分子流行病学在解析HIV-1大流行中的关键作用，涵盖病毒人畜共患起源追溯、传播动态监测（如ART治疗下持续复制）、公共卫生干预效果评估等核心议题，强调分子数据为实时优化防控策略提供了科学基石，尤其呼吁在中低收入国家推广此类方法。

　　

Abstract

尽管历经数十年研究，HIV-1大流行仍是全球公共卫生的重大挑战。作为首个拥有大量病毒序列数据的慢性病毒性疾病，HIV-1的基因型耐药检测数据为系统发生学方法提供了独特的研究基础。这些方法不仅揭示了抗逆转录病毒治疗（ART）期间病毒的持续复制机制，还阐明了病毒基因组在发病机制和免疫应答中的核心作用。

分子流行病学的突破性应用

通过分析大规模人群的分子数据，研究者成功追溯了HIV-1大流行的动物源性起源和时间节点，并绘制了其全球传播路径。例如，系统发生树分析揭示了病毒在不同亚群（如MSM人群或注射吸毒者）内外的跨区域传播模式。量化模型进一步证明，公共卫生干预（如PrEP推广）可显著降低传播率——这一发现为精准防控提供了依据。

从机制到实践的转化

分子流行病学与病毒进化研究的结合，不仅解析了HIV-1的免疫逃逸（如env基因变异）和耐药性（如RT抑制剂相关突变）的分子基础，还推动了实时监测系统的建立。作者特别指出，未来需将此类“分子公共卫生”体系扩展至非洲等中低收入地区，以应对当地持续高发的病毒传播负担。

（注：全文严格基于原文内容缩编，未添加非原文信息，专业术语如PrEP=暴露前预防，MSM=男男性行为者等均按原文格式标注。）