三级医院耐碳青霉烯类弗氏柠檬酸杆菌的基因组学特征与临床风险因素分析（2013-2021）

为解决耐碳青霉烯类弗氏柠檬酸杆菌（CRCF）的临床威胁，南京鼓楼医院团队通过全基因组测序和临床数据分析，揭示了blaNDM-1为主导的耐药基因谱、ST17/396的流行特征及侵袭性操作（P=0.032）的关键风险因素，为CRCF防控提供了分子流行病学依据。

　　

研究背景与意义
弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）作为条件致病菌，近年来因耐碳青霉烯类（CRCF）菌株的涌现成为公共卫生挑战。这类菌株对β-内酰胺类抗生素（如碳青霉烯）的耐药性主要由bla_KPC、bla_NDM等基因介导，导致临床治疗失败率和死亡率攀升。尽管耐碳青霉烯肠杆菌科（CRE）研究广泛，但CRCF因检出率低而缺乏系统研究。南京鼓楼医院团队通过整合基因组学与临床数据，首次揭示了CRCF在中国三级医院的流行规律与传播机制。

关键技术方法
研究纳入2012-2021年21株非重复CRCF临床分离株，通过Vitek 2.0和MALDI-TOF MS（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱）鉴定菌种，Kirby-Bauer法确认碳青霉烯耐药性。全基因组测序（WGS）解析耐药基因、质粒复制子和插入序列（ISs），临床数据对比分析CRCF与敏感株（CSCF）感染风险因素。

研究结果

1. bla_NDM-1主导耐药机制
   18株（85.7%）检出bla_NDM-1，其次为bla_KPC-2（2株）。共发现71种ARGs，包括介导AmpCβ-内酰胺酶的bla_CMY（12变体）及超广谱β-内酰胺酶基因bla_CTX-M-14。

2. 遗传多样性特征
   ST17（19.0%）和ST396（14.3%）为优势型别，IncX3质粒（52.4%）与IS₆₁₀₀（81.0%）高频共存，mph(A)-IS₆₁₀₀组合提示水平基因转移潜力。

3. 临床风险因素
   患者中位年龄62.7岁，男性占80.9%，高血压（57.1%）为主要基础病。多变量分析显示侵袭性操作（如导管置入）是CRCF获得的独立风险因素（OR=4.2, P=0.032）。

结论与讨论
该研究首次系统描绘了中国CRCF的基因组-临床关联图谱：bla_NDM-1-IncX3-ST17克隆可能通过IS₆₁₀₀驱动的质粒传播，老年男性患者因侵袭性操作更易感染。结果发表于《Clinica Chimica Acta》，为CRCF的分子监测和精准防控提供了关键证据。作者Hui Xie等建议加强MGEs（移动遗传元件）监控，并优化侵入性操作规范以阻断传播链。