慢性乙型肝炎中硬选择性清除驱动的HBV准种近灭绝现象及其临床意义

本研究通过单基因组测序（SGS）首次揭示慢性乙型肝炎（CHB）患者体内乙肝病毒（HBV）准种在硬选择性清除（HSS）作用下近乎灭绝的现象。HSS驱动高度异质的病毒群体演变为单一同源种群，其突变特征提示T细胞免疫压力为主导因素，为功能性治愈CHB提供了新靶点。

　　

病毒准种多样性在CHB患者中呈现高度异质性

通过对16例慢性乙型肝炎（CHB）患者的近全长HBV基因组分析，发现病毒群体遗传多样性存在显著差异。其中10例患者病毒群体遗传距离低于0.2%，而JN15和JN16患者则表现出多谱系变异株共存的高多样性特征。单基因组测序（SGS）揭示，这种差异与宿主选择压力状态密切相关，为后续研究HSS现象奠定基础。

硬选择性清除（HSS）塑造高度同源病毒群体

纵向样本分析显示，30%患者（JN14/JN16/JN11）出现HSS现象：

1. 种群替代：JN14在1年后64.6%病毒序列完全一致，其余仅相差1个核苷酸；JN16在1年后76.2%序列高度同源。
2. 进化加速：HSS期间病毒进化速率达4.77×10^?3 substitutions/site/year，较常规速率（2.63×10^?4）提升10-100倍。
3. 单细胞起源证据：近乎一致的近全长基因组序列提示HSS后病毒群体可能源自单个感染细胞。

重组机制助力病毒逃逸HSS

JN14患者中，HSS后病毒群体通过重组获得生存优势：

• 5'端基因组片段（~1,300 bp）携带全新突变
• 3'端片段（~1,800 bp）继承自初期少数变异株
  该发现揭示了病毒在极端选择压力下采用重组策略维持生存的进化智慧。

T细胞表位突变揭示免疫选择机制

HSS后固定突变呈现显著特征：

1. 靶向逃逸：JN14中7个突变位于5个HLA-I限制性表位（如HBc_142-151），JN16中12个突变涉及11个表位。
2. 免疫特征：突变富集于T细胞表位而非中和抗体（nAb）靶向的MHR区域或N-糖基化（NLG）位点，强烈提示HSS由T细胞免疫驱动。
3. 动态进化：JN16在HSS后仍持续产生新突变（如HBp_814-822表位出现3种变异），反映免疫压力持续作用。

临床转化：从HSS到功能性治愈

研究发现具有重要临床意义：

1. 清除潜力：HSS可消除99%以上病毒群体，接近功能性治愈临界点。
2. 治疗策略：增强特异性T细胞应答可能彻底清除HSS后残存的同源病毒。
3. 监测价值：SGS技术可实时追踪HSS进程，为个体化免疫治疗提供窗口期。

该研究为理解CHB自然史中病毒-宿主互作提供了全新范式，同时指明了通过调控T细胞免疫实现临床治愈的创新路径。