"比利时传统小麦酸面团来源的Levilactobacillus acidifarinae JCM 15949型菌株全基因组测序及功能解析"

来自日本的研究团队针对传统发酵食品微生物资源，完成了Levilactobacillus acidifarinae型菌株JCM 15949（DSM 19394）的全基因组测序。该研究通过纳米孔测序（MinION）结合Illumina数据校正，获得包含2,915,962 bp染色体（51.71% GC）和30,910 bp质粒（39.78% GC）的完整基因组，注释出2,729个CDSs及83个RNA基因，为乳酸菌（LAB）的代谢机制研究提供重要分子基础。

　　

科研人员成功破译了源自比利时传统小麦酸面团的Levilactobacillus acidifarinae标准菌株JCM 15949（保藏号DSM 19394）完整基因组图谱。该异型发酵乳酸菌（LAB）的基因组包含一条环形染色体（2,915,962碱基对，GC含量51.71%）和一个新发现的环形质粒pJCM15949（30,910碱基对，GC含量39.78%）。

研究采用创新性的多组学技术联用策略：首先通过改良的酚-氯仿法提取高质量DNA，结合纳米孔测序仪（MinION Mk1B）和Illumina HiSeq双端测序数据，使用Flye软件进行三代测序数据组装（覆盖度350×），再经Pilon工具进行二代数据校正。质量控制显示基因组完整度达99.35%，污染率仅0.65%。功能注释预测染色体含2,729个编码基因（CDSs）、65个tRNA和18个rRNA基因。

值得注意的是，该研究首次实现了该菌株染色体从草图到完成图的升级，其质粒特征分析为乳酸菌水平基因转移研究提供了新线索。实验过程严格优化了核酸提取方案，采用TESS缓冲液（含25 mM Tris-HCl、5 mM EDTA、25%蔗糖）维持DNA稳定性，并通过Zymo纯化柱和Qubit荧光定量确保数据可靠性。这些发现对理解传统发酵食品微生物的基因组进化及工业应用具有重要价值。

（注：技术术语均保留英文缩写如CDS、tRNA等，实验试剂如Tris-HCl、EDTA等采用国际通用写法，菌株命名遵循斜体规范）