乌干达2014-2017年牛源O型口蹄疫病毒近全长基因组测序及分子流行病学分析

来自乌干达和美国的研究团队针对口蹄疫病毒(FMDV)在乌干达的流行现状，对2014-2017年采集的12株O型FMDV进行了近全长基因组测序。研究发现11株属于EA-2拓扑型I系毒株，1株为EA-1拓扑型，揭示了不同拓扑型毒株在乌干达北部和东部地区的共循环特征，为东非地区FMDV分子流行病学研究提供了重要数据支撑。

　　

这项研究揭示了乌干达牛群中口蹄疫病毒(FMDV)的基因奥秘。科研人员从2014至2017年间采集的牛口咽拭子(OP)中分离出12株O型FMDV，运用猪源LFBK_αVβ6细胞培养和Illumina MiSeq高通量测序技术，成功获取了8,126-8,135个核苷酸的近全长基因组序列。

有趣的是，这些病毒呈现出明显的地区分布特征：北部地区同时存在EA-1和EA-2两种拓扑型毒株，而东部地区仅检测到EA-2拓扑型。基因组分析显示，毒株间核苷酸相似度为87.9%-99.2%，其中11株属于EA-2拓扑型I系，与既往报道的乌干达流行株高度相似。

研究团队采用创新的测序策略：先通过随机引物反转录生成cDNA，再使用Sequenase v2.0进行第二链合成，最后经过Nextera XT建库。数据分析时，研究者巧妙结合了参考序列比对和de novo组装两种方法，确保结果的可靠性。这些基因组数据就像分子指纹，为追踪FMDV的传播路径和进化规律提供了关键线索。

值得注意的是，所有毒株基因组都包含典型的FMDV结构特征：5'端非编码区(UTR)含6-9个连续C碱基的poly C序列，以及90个核苷酸的3'UTR。这些发现不仅丰富了东非地区FMDV的基因数据库，更为跨境动物疫病防控策略的制定提供了科学依据。