跨组织转录组关联研究的迁移学习框架TransferTWAS:提升小样本组织基因表达预测效能

【字体: 时间:2025年07月02日 来源:AJHG 9.8

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  为解决小样本组织中基因表达预测精度不足的难题,研究人员开发了迁移学习辅助的转录组关联研究框架TransferTWAS。该方法通过数据驱动策略自适应整合多组织遗传相似性信息,在ROS/MAP和GEUVADIS数据集测试中显著提高预测准确性,并在低密度脂蛋白胆固醇GWAS分析中识别出更多基因-性状关联,为复杂性状遗传机制解析提供新工具。

  

在探索复杂性状遗传基础的研究中,转录组关联研究(Transcriptome-Wide Association Study, TWAS)扮演着关键角色。然而,当面对样本量有限的靶组织时,传统方法的预测模型往往捉襟见肘。这项研究提出的TransferTWAS框架犹如一位"智慧的信息搬运工",巧妙运用迁移学习(transfer learning)技术,从多个外部组织中筛选具有遗传相似性的数据源进行知识迁移。

与忽视组织相似性的UTMOST(Unified Test for Molecular Signatures)和依赖功能注释的JTI(Joint-Tissue Imputation)相比,TransferTWAS采用数据驱动的动态加权策略,让"高相似度组织"在预测模型中拥有更大话语权。模拟实验显示,该框架的基因表达填补准确度技压群芳;在真实的ROS/MAP(阿尔茨海默病相关)和GEUVADIS(药物基因组学)数据集测试中,不仅统计功效显著提升,还严格把控了I型错误率。更令人振奋的是,在低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)等复杂性状的全基因组关联研究(GWAS)数据挖掘中,TransferTWAS化身"基因侦探",揪出了更多潜在的功能性关联信号。

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